蓝细菌基因组比较分析：异形胞发育进化及其3’，5’二磷酸核苷酸酶HalA的功能的研究.pdf

摘 要 蓝细菌是地球上最为古老的物种之一。一些丝状蓝细菌在缺氮环境中，菌丝体 上有部分细胞会分化成专门执行固氮功能的异形胞(heterocyst)。化石证据和地质 学证据表明，异形胞大约出现在24亿年前，是地球上已知的最早出现的细胞分化 现象之一。 异形胞形成机制是蓝细菌研究的重要领域。最近二十多年来，发现了近百个与 异形胞发育密切相关的基因(如氮代谢过程中的全局调控基因ntcA，异形胞分化中 些小分子信号(如2-OG、Ca：斗等)。这些基因和信号分子构成了一个复杂的异形胞 分化调控网络。然而该调控网络在进化中是如何形成的却仍不清楚，与此相关的研 究也还处于空白。 在本论文中，我们用比较基因组学的方法研究了异形胞发育的进化过程。我们 检测了产异形胞蓝细菌AnabaenaPCC7120中已知的异形胞发育相关基因(ha基因) 在其他18种蓝细菌基因组中的分布，发现大部分的het基因还存在于其它不产异形 胞菌株的基因组中。根据分布情况，her基因可分为以下几类：一，在多数蓝细菌 中都存在的基因；二，只在丝状菌株中存在的基因；三，只在固氮菌株中存在的基 因；四，主要在产异形胞菌株中存在的基因；五，其他分布类型的基因。利用分布 情况和序列信息，我们分析了每个het基因的进化过程。结果表明，一，het基因出 现在蓝细菌进化的各个阶段；二，绝大部分的het基因在异形胞分化现象出现之前 就已经存在于蓝细菌基因中了；三，水平基因转移在异形胞进化过程中发挥了重要 作用。 在Anabaena 丝上的分布。我们在被检测的几种不产异形胞的丝状蓝细菌中皆发现了HetR的表 IMS101和Arthrospira platens 细胞内的HerR蛋白在缺氮后表达增加。在Anabaena 形胞蓝细菌的共同祖先基因组中就已存在了，并且那时它们就已形成了相互作用的 方式。 基于上述的生物信息分析和实验工作，我们推测了异形胞发育的进化过程。在 异形胞出现之前，许多重要的异形胞发育调控因子之间就已经形成了一个基本氮利 用调控网络，异形胞的进化实质上就是一个不断获取必需的her基因，并将其纳入 该网络中的过程。从根本上说，异形胞的产生是蓝细菌为了更好利用氮源而不断适 应环境的结果。本研究结果将有助于了解生物界最初的演化过程，也可以为研究高 等生物的细胞分化提供启示。 我们在螺旋蓝细菌基因组中发现了长度为957b bp的基因，其编码序列与酵母 和植物中的3’，5’．二磷酸腺苷．5’．磷酸酶(PAPase)很相似，该基因被命名为halA。 PAPase是硫同化途径中必需的一个酶，它负责将硫同化过程中产生的毒性副产物 3’，5’．二磷酸腺苷．5’．磷酸(P!廿)转化为无毒性的AMP。在真核生物中已经发现了 从而引起细胞内PAP的积累，最终产生细胞毒性。作为细胞内对盐离子最敏感的酶 之一，PAPase的耐盐能力往往决定了细胞的耐盐能力。 我们将halA基因在Ecoli中进行了克隆、表达和生化性质研究。酶活测定表明 3．6mmol／L和600mmol／L)。 结构分析显示，HalA与Hal2p蛋白在底物结合位点存在一定差异，此差异很可 了HalA的大肠杆菌在含高浓度Li+的培养基中生长情况明显比对照好，意味着原核 感的PAPase，因此在其他生物中表达HalA将可能是有效提高生物耐盐能力的途径 之一。 以前关于PAPase的研究工作都仅限于真核生物，我们在此首次对原核生物的 PAPase进行了深入研究。此研究结果不仅可为了解原核生物硫代谢具体过程提供有 用信息，也可为将PAPase进行改造以提高生物的硫同化效率及抗盐能力提供依据。 关键词：蓝细菌，基因组，异形胞，进化，hetR，patS，PAPase，耐盐 2 Abstract are themostancient ontheEarth．Someof Cyanobacteraamong organisms species callfixthe into