《一种新的氨基酸描述符SVHEHS在生物活性肽QSAR中的应用研究》.pdfVIP

26 2012，Vo1．33,No．07 食 品科 学 ※基础研究 一 种新的氨基酸描述符SVHEHS在生物活性肽 QSAR中的应用研究 彭剑秋1，刘 静2，管 骁 t， (1．上海理工大学医疗器械与食品学院，上海 200093；2．上海海事大学信息工程学院，上海 200135) 摘 要 ：对2O种氨基酸的457种性质参数按疏水性质、电性特征、氢键贡献和立体特征进行分类后，并各 自进行 主成分分析(PCA)，得到一种新的氨基酸结构描述符SVHEHS(scorevectorofhydrophilicity，electronic，hydrogenbond contributionandsmricproperties)。用该描述符分别对一系列血管紧张素转化酶抑制二肽以及苦味二肽进行序列表征， 并用来与生物活性建立多元线性回归模型。血管紧张素转化酶抑制二肽、苦味二肽模型的相关系数、交叉验证相 关系数、均方根误差分别为0．936、0．854、0．259和0．949、0．886、0．136，同时还对所得模型进行了外部验证。 结果表明，该描述符建立的模型具有较好的拟合与预测能力，用于生物活性肽的定量构效关系研究是理想的。 关键词：氨基酸描述符；定量构效关系；主成分分析；多元线性回归 ANewAminoAcidDescriptorSVHEHSandItsApplicationinQSARofBioactivePeptides PENG Jian-qiu ，LIU Jing ，GUAN Xiao- (1．SchoolofMedicalInstrumentandFoodEngineering，UniversityofShnaghaiforScienceandTechnology， Shanghai 200093，China；2．CollegeofInformationEngineering，ShnaghaiMaritimeUniversiyt，Shnaghai 200135，China) Abstract：Totally457physicochemicalvariablesof20kindsofnaturalaminoacidswereclassifiedaccordingtohydrophobic properties，electroniccharacteristics，hydrogenbondscontributionsnadstericproperties，na dnaalyzedbyprincipalcomponent analysis(PCA)．Anewaminoacidstructuredescriptor，SVHEHS，wasachieved．ThedescriptorWasusedotcharacterizethe structuresofaseriesofACEinhibitorydipeptidesandbitterdipeptides．Amultiplelinearregression(MLR)modelwas establishedonhtebasisofbioactiviyt．Thecorrelationcoefficients z)，cross-validationcorrelationcoefficients(Q2IJ)0)androot meansquareerrors(gMSE)forhtemodelsesatblishdeforACEinhibitorydipeptidesandbitterdipeptideswereO．936，0．854， 0．259，nad0．949，0．886，0．136，respectively．Externalvalidationwasalsoconductedotvaliadtehtepredictioncapabiliytofthe models．Theresultsshowedthatthemodelsobtainedwiht htedescriptorhadgoodfittingna