用非线性预测方法研究蛋白质序列的特性（Ⅰ）.pdfVIP

维普资讯 第27卷第 1期 食 品 与 生 物 技 术 学 报 Vo1．27 NO．1 2008年 1月 JournalofFoodScienceandBiotechnology Jan． 2008 文章编号 ：1673～1689(2008)O1—0071—05 用非线性预测方法研究蛋白质序列的特性 (工) 管维红 ， 徐振源～， 朱 平。 (1．江南大学 信息工程学院，江苏 无锡 214122；2．江南大学 理学院，江苏 无锡 214122) 摘 要 ：通过详细 HP模型将一条蛋白质序列构造为 3个特征序列。其 中蛋 白质序列取 自蛋 白质 分类数据库 CATH，该库将蛋 白质序列根据不 同结构域分为 4类 (a主类 ，主类，a 类，低二级结 构类)。然后采用非线性预测方法，研究每类蛋 白质序 列的特征序 列，得到特征序 列的误差 比值 (E-D)图。从图形上发现 ，每类蛋 白质序列的每条特征序列的曲线起伏波动不断，具有特异性，且 4类蛋白质序列对应特征序列的E_D 图之 间也有很大不同。 关键词 ：非线性预测方法；蛋 白质序列；蛋 白质分类 中图分类号 ：TP301．6；Q 516 文献标识码：A NonlinearPredictionAnalysisofPropertiesinProteinSequences(工) GUAN W ei—hong ， XU Zhen—yuan～ ． ZHU Ping (1．SchoolofInformationTechnology，JiangnanUniversity，Wuxi214122，China；2．SchoolofScience，Jiangnan University，W uxi214122，China) Abstract：In this manuscript， three characteristic sequences for a protein sequence were constructedaccordingtothedetailedHPmode1．Proteinsequenceswereselectedfrom theprotein structureclassificationdatabaseCATH．Thedatabaseclassifiedproteinintofourclasses(mainly alpha，mainlybeta，mainly alpha— betaand few secondary structures)basedon the different domainstructures．Byusingthenonlinearpredictionmethods，threecharacteristicsequencesE—D graphsof protein sequences in every four classes were obtained． Itwas found that each characteristic sequences E—D graphsofprotein sequencesfluctuated allalong and specific ． Moreover，thedifferenceofE—D graphsforcorresponding characteristic sequencesamong four dassesofproteinsequenceswasverylarge． Keywords：nonlinearpre