大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性分析.pdfVIP

中国农业科学 2010,43(5):889-898 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.05.002 大麦糯性相关基因 Wx 单核苷酸多态性分析 朱彩梅，张 京 （中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程/农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室，北京 100081 ） 摘要：【目的】大麦Wx 是控制直连淀粉合成相关的糯性基因，研究大麦糯性相关基因 Wx 单核苷酸多态性， 并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以 2 个国外糯大麦品种为对照，对 30 份高、中、低直链淀粉含量 的中国大麦进行 Wx 的克隆和测序，分析 Wx 的单核苷酸多态性（SNP）及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结 果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中，共检测到了169 个多态性位点，平均每26 bp 检测到一个多 态性位点。在所有检测到的多态性位点中，包括 143 个 SNP 和 26 个 InDel，二者的频率分别为 1/310 和 1/169。 Wx 的内含子 1、3、5、8 区，外显子 2、5 和 5′-UTR 及 3′-UTR 区域为变异富集区，其它区域变异较小。外显子 2 和内含子1区域所承受的选择压力较小。单倍型分析表明，第1种单倍型中包括所有低直链淀粉含量的材料。【结 论】大麦 Wx 的多态性与直链淀粉含量之间存在明显的对应关系。 关键词：大麦；Wx；单核苷酸多态性；单倍型；直链淀粉含量 Single Nucleotide Polymorphism of Wx Gene Associated with Amylose Content in Barley Germplasm ZHU Cai-mei, ZHANG Jing (National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement/Key Laboratory of Crop Germplasm Biotechnology, Ministry of Agriculture/Institute of Crop Sciences, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081) Abstract: 【Objective 】 Waxy gene ( Wx in short) is a key gene responsible for the barley amylose synthesis. The objective of the present study was to detect single nucleotide polymorphisms (SNP) of Wx and determine the relationship between SNP and amylose content of seed in barley. 【Method 】 After PCR amplification and gene clone, 30 Chinese normal and waxy barley cultivars, which had high, medium and low amylose content respectively, were sequenced and polymorphism was analyzed for waxy gene with 2 Canadian waxy barley as controls. 【Result 】 By polymorphism identification of waxy gene nucleotide sequences for the 32 barley cultivars, 169 polymor