尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(20):3982-3991 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.20.006 尖镰孢EST-SSR信息分析及分子标记建立 1 1 1 1 2 李新凤 ，张作刚 ，王建明 ，高俊明 ，田宏先 1 2 （山西农业大学农学院，山西太谷 030801 ； 山西省农业科学院高寒区作物研究所，山西大同 037000 ） Fusarium oxysporum ）表达序列标签（expressed sequence tag，EST）序列中 摘要：【目的】探讨尖镰孢（ 简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）位点的分布特点，开发尖镰孢EST-SSR 引物，为镰孢菌遗传多样 性分析提供技术支持。【方法】从NCBI公共数据库下载尖镰孢EST 9 304条，利用SSRIT软件查找SSR位点，Primer Premier 5.0 软件设计 EST-SSR 引物，用非变性聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳分离 SSR-PCR 扩增产物，并选用能 够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的引物，对 23 株尖镰孢菌株进行 SSR 遗传多样性分析。【结果】在尖 镰孢EST序列中，共搜索到92个SSR位点，分布于90条EST序列中，出现频率为1.0%。其中二核苷酸重复类型 是最主要的SSR类型，占总SSR的比例为59.78%。其次为三核苷酸与五核苷酸重复类型，占总SSR 的比例分别为 17.39%、11.96%。出现频率最高的基序是（AC/GT）（0.51%）。设计合成的30对引物中有20对（66.7%）能够有效 扩增，其中 14 对引物（46.7%）能够扩增出与预期产物大小一致且具有多态性的产物。尖镰孢的遗传多样性分析 结果表明，利用筛选出的14 对引物扩增出62条条带，其中多态性条带59 条，多态性位点比例为95.2%，平均每 对引物可扩增 4.2 条。供试菌株间的遗传相似系数为 0.487—0.933，平均为 0.686。供试菌株间存在明显的遗传 分化。聚类分析结果表明，当遗传相似系数为0.781时，除14号菌株外，所有菌株均根据寄主来源划分为不同的 SSR 类群。【结论】基于尖镰孢 EST 序列开发 SSR 标记是一种简便有效的方法，研究开发的 14 对引物可用于尖镰 孢的遗传多样性分析。 关键词：尖镰孢；表达序列标签；简单重复序列；遗传多样性 EST-SSR Information Analysis and Markers Development in Fusarium oxysporum 1 1 1 1 2 LI Xin-feng , ZHANG Zuo-gang , WANG Jian-ming , GAO Jun-ming , TIAN Hong-xian 1 2 ( College of Agriculture, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, Shanxi; Crops Research Institute for Alpine, Shanxi