兰州大尾羊PPARG全长cDNA克隆及生物信息学分析.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(12):2435-2445 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.12.016 兰州大尾羊PPARG 全长cDNA 克隆及生物信息学分析 1 2 1 1 1 1 1 金方园 ，徐红伟 ，达小强 ，柏家林 ，冯玉兰 ，臧荣鑫 ，杨具田 1 2 （西北民族大学生命科学与工程学院，兰州 730030； 西北民族大学实验中心，兰州 730030 ） 摘要：【目的】克隆兰州大尾羊过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator-activated receptor gamma, PPARG ）基因，分析其序列及编码蛋白的生物学特性，阐明 PPARG 基因在绵羊中的生物学作用，为生产应 用提供理论依据。【方法】根据绵羊PPARG 基因CDS 序列设计特异性引物，利用RACE 和RT-PCR 技术克隆获得兰州 大尾羊PPARG 基因序列，结合生物信息学方法分析其生物学特性。【结果】克隆获得兰州大尾羊PPARG cDNA 序列 全长1 774 bp （GenBank 序列号：KF727439 ），其CDS 区片段长1 428 bp，编码475 个氨基酸,编码区两侧翼分别 具有5’-UTR 131 bp （1-131 nt ）和3’-UTR 214 bp （1 560-1 774 nt ）。预测兰州大尾羊PPARG 蛋白分子量为 54.40 kD，理论等电点为4.94。预测PPARG 编码蛋白疏水性最大值为 3.600，最小值为-2.744，为非跨膜的疏水 性蛋白。亚细胞定位主要在细胞质（65.2% ）和细胞核（21.7% ）中,少量作用于细胞支架（4.3% ）和过氧化物酶体 （4.3% ）,无信号肽，不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有26 个磷酸化位点，无糖基化位点，含有1 个ZnF_C4 结构域、1 个HOLI 结构域和1 个LCR 结构域，二级结构以随机卷曲为主。同源性分析显示兰州大尾羊PPARG 核苷 酸序列与山羊、野牛、水牛、绵羊、虎鲸、野猪和人类核苷酸序列间的同源性分别为99% 、98% 、97% 、99%、94%、 92%和90%，兰州大尾羊PPARG 氨基酸序列与山羊、野牛、水牛、绵羊、虎鲸、野猪和人类核苷酸序列间的同源性 分别为100% 、99.8% 、100% 、100%、 98.7%、98.5%和97.5%。系统发育树表明，兰州大尾羊与山羊、绵羊和水 牛的进化水平更为接近，与鱼类、人类和鼠类较远。其基因第486 位发生碱基转换（C←→T ），第828 位发生碱基 转换（C←→A ），但其所编码氨基酸不变。【结论】兰州大尾羊与其他物种PPARG 在结构上相似性较高，说明该基 因具有高度的保守性。推测PPARG 蛋白大部分在游离核糖体上合成，其功能与过氧化物酶体有关，该预测结果符 合其过氧化物酶体增殖物激活受体的身份。PPARG 氨基酸序列有26 个可以成为蛋白质激酶磷酸化的位点，某些位 点被磷酸化后，可导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化, 如胰岛素增敏激素，脂联素( adiponectin) 的表达减少。其序列包含的ZnF_C4 锌指结构域具有与脂质结合的功能，HOLI 即LBD 配体结构域在激素信号转导 过程中发挥重要作用，其中PPARG 锌指结构域中的磷酸化位点 Ser112，被MAPK 磷酸化后，可以抑制PPARG 同配 体的结合，从而降低PPARG 蛋白的活性，两个结构域均与成脂分化过程相关联。文章为进一步研究PPARG 在成脂 分化过程中的作用提供了参考。 关键词：兰州大尾羊；PPARG；cDNA 末端快速扩增；生物信息学 Cloning and Bioinformatics Analysis of PPARG Gene