核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用.pdfVIP

第36卷摇 第6期 北 京 林 业 大 学 学 报 Vol.36,No.6 2014年11月 JOURNAL OF BEIJING FORESTRY UNIVERSITY Nov. ,2014 DOI:10.13332/ ki.jbfu.2014.06.008 核桃 BES鄄SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用 1,2 2 2 2 2 陈凌娜 摇 马庆国摇 张俊佩 摇 周贝贝摇 裴摇 东 1北京林业大学生物科学与技术学院摇 2 中国林业科学研究院林业研究所,林木遗传育种国家重点实验室 摘要:从NCBI数据库全部已知核桃MboI 基因组 BAC文库克隆中下载22740 条末端序列 BAC end sequences, BES 。 应用MISA软件搜索获得SSR位点4732个,平均每2郾8kb 出现1个SSR。 在含有单个SSR的BES 中,1~3 个核苷酸重复的类型占SSR总数的96郾86%,A/ T、AT/ AT、ATT/ AAT分别为最丰富的单核苷酸、2核苷酸和3核苷 酸重复。 选择不同类型和重复次数的SSR设计合成50对引物,从中筛选出多态性引物33对,其中19对引物扩增 出1或2个等位基因,无非特异扩增产物。 应用这19对引物对20份核桃属不同种的基因型进行SSR分析,结果表 明,每对引物检测到2~9个多态性位点,平均多态性位点5郾4个;其中17个位点的多态信息含量高于0郾5,总平均 值为0郾662,多态性较高。 聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。 因此,BES鄄SSR是一类多态 性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR引物。 关键词:核桃;BAC末端序列;SSR;遗传多样性 鄄鄄 鄄鄄 鄄鄄 中图分类号:S664郾1;Q943郾2;S789郾5摇 摇 文献标志码:A摇 摇 文章编号:1000 1522 2014 06 0024 06 1,2 2 2 2 2 CHEN Ling鄄na ; MA Qing鄄guo ;ZHANG Jun鄄pei ;ZHOU Bei鄄bei ;PEI Dong . Development of BAC鄄SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis. Journal of Beijing 鄄鄄 Forestry University 2014 36 6 24 29 [Ch,22 ref.] 1College of Biological Sciences and Biotechnology,Beijing Forestry University,100083,P. R. China; 2 State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding,Research Institute of Forestry,Chinese Academy of Forestry,Beijing,100091,P. R. China. From all known Juglans regia MboI genomic BAC clones in NCBI database,22740 end sequences BES were downloaded and analyzed. A total of4732 SSRs microsatellites werefound by using the MISA program. The frequency of SSRs was approximately 1/ 2郾8 kb. Mono鄄 to tri鄄nucleotide types accounted for96.86% of all the single SSRs in the BES. A/ T,AT/ AT and ATT/ AAT motifs were the repeat categoriesof mostabundantmono鄄,di鄄andtri鄄nucleotiderespectively. Fifty SSRprimerpairswith different types and number of repeats were designed and synthesized,and 33 highly polymorphic SSR primer pairswere screened. Nineteen out of the 33 primer pairs had 1 or 2 alleles without nonspecific amplification. Those primer pairswere used to a