杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析.pdfVIP

第36卷摇 第2期 北 京 林 业 大 学 学 报 Vol.36,No.2 2014年3月 JOURNAL OF BEIJING FORESTRY UNIVERSITY Mar. ,2014 DOI:10.13332/ ki.jbfu.2014.02.014 杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析 李昊阳摇 施摇 杨摇 丁亚娜摇 徐吉臣 北京林业大学林木育种国家工程实验室 摘要:扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧 性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。 全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基 因家族包含36个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB和EXLA4个亚家族。 系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白 基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9种不同的内含子起源模式以及6个高频密码子。 基因表达分 析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/ 器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。 研究 结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。 关键词:杨树;扩展蛋白;细胞壁;基因家族;生物信息学 鄄鄄 鄄鄄 鄄鄄 中图分类号:S792郾11;Q943郾2摇 摇 文献标志码:A摇 摇 文章编号:1000 1522 2014 02 0059 09 LI Hao鄄yang;SHIYang;DINGYa鄄na;XUJi鄄chen. Bioinformaticsanalysisof expansin genefamily in 鄄鄄 poplar genome. Journal of Beijing Forestry University 2014 36 2 59 67 [Ch,53 ref.] National Engineering Laboratory of Tree Breeding,Beijing Forestry University,100083,P.R. China. As an important component of plant cell wall,expansins widely present in plant genome and have unique “loosening冶 effects and are thought to function in plant growth,development,plant resistance, etc. Whole genome sequencing of poplar reveals it containing 36 expansin genes classified in to 4 subfamilies EXPA,EXPB,EXLA and EXLB . Systematic bioinformatics analysis showed that poplar expansin genes had the conserved apparent sequence features and stable protein structure. It obviously displayed9 differentintronsoriginatemodesand6 high鄄frequency codons. Transcriptomeanalysisshowed that the expansin genes expressed highly in poplar wood forming tissues or organs,and were associated with the reproductive development. The results here displayed the basic information of poplar expansin superfamily which could be a good platform for the gene function study in future. Key words摇 poplar;expansin;cell wall;gene family;bioinformatics [1] 摇 摇 1989 年,Cosgrove 研究发现,黄瓜 Cucumis 是防风绿化的生态树种,在世界各地广泛种植。 该 sativus 根尖细胞壁中的一种蛋白提取物可有效恢 类树种具有易于杂交和无性繁殖,遗传转化技术手 复已热变性细胞壁的伸展,经分离提纯后将其命名 段成熟且再生能力强,基因组构成相对简单 单倍 鄄鄄 [2 3] 为扩展蛋白 expan