分子标记辅助选择育种精要.ppt

第十六章 分子标记辅助选择育种 1、目的要求：熟悉分子标记的概念，了解分子标记的应用，初步掌握分子标记辅助选择育种技术。 2、讲授内容： 一、分子标记的概念和类型 二、分子标记的应用 三、分子标记辅助选择育种技术 一、分子标记的概念和类型 （一）基本概念 1、 遗传标记： 能明确反映遗传多样性的生物特征。 遗传多样性指基因组中任何座位（等位基因）上的相对差异，反映在生物体各个水平上，有四种标记： 形态学标记：如颜色、大小、株高、芒 同工酶（蛋白质）标记：脂酶同工酶、过氧化物酶等 细胞学标记：核型分析 DNA（分子）标记：类型丰富， 应用广。 利用遗传标记可以提高选择效率与育种预见性。 2、分子标记：DNA水平（核苷酸序列差异）上反映遗传多态性的生物特征。 具有以下优点：①表现稳定，无组织器官、发育时期特异性，不受环境条件、基因互作影响；②多态性高，数量多。它可以小到只有单个核苷酸的变异，理论上DNA标记数量无限；③对目标性状表达无不良影响； ④ 部分标记为共显性，可鉴别纯合体与杂合体。 3、分子标记技术：就是把生物体DNA水平上的差异通过一定的手段检测出来的技术。 （二）分子标记的类型及其特点 1、类型：根据检测手段的不同，形成了十几种不同的DNA标记。可归为三大类： 基于Southern杂交的DNA标记，如RFLP等； 以PCR为核心的分子标记，包括RAPD、SSR、STS、SCAR（序列特征化扩增区域 ）等； 新型分子标记，如：SNP、EST、ILP等。 几种主要的ＤＮＡ分子标记 2、特点： （1）RFLP RFLP是最早发展起来的分子标记。 植物基因组DNA上的碱基替换、插入、缺失或重复等，造成某种限制性内切酶酶切位点的增加或丧失，从而产生限制性片断长度多态性。 具有、特异性、共显性的特点 需同位素、费用高、技术复杂 RFLP技术基本步骤 （2）RAPD ? 利用10个核苷酸（10bp）的随机引物对基因组DNA进行PCR扩增获得的长度不同的多态性DNA片段。 一般为显性遗传，少数为共显性遗传。 DNA扩增仪（PCR仪），步骤简单，无需预先知道DNA序列信息，可大量分析。但重复性较差。 （3）SSR，又称微卫星标记 是一类由1～6个碱基对组成的短串联重复DNA序列，如(CA)n、(AT)n、(GGC)n、(GATA)n等，n代表重复次数。它广泛分布于基因组的不同位置，其两端多是相对保守的单拷贝序列。据此可设计一对特异引物，利用PCR技术，分析扩增产物的长度多态性。 数量丰富、多态性高、特异性好、共显性。 二、分子标记的应用 1、 构建分子遗传图谱 生物地图 定位基因（QTL） 生物间比较 2、DNA指纹技术 世界上，几乎没有两个生物个体的DAN是完全相同。 理论上，DNA标记数量是无限的, 特别适宜作为生物指纹 应用：司法鉴定（如，亲子鉴定）、种子质量检测（如，真实性和纯度鉴定） DAN指纹技术进行品种纯度检验的原理 不同的品种，在DNA水平上的多态性差异不同（ DAN指纹不同）。 一个品种群体的基因型是一致的，这种基因型可以用某种分子标记（一个或多个）加以确定，即基因型与分子标记组合具有对应关系，利用这些标记就可以将本品种与异品种区别开来，达到真实性鉴定的目的；同时，通过逐粒分析还可计算该品种的纯度，达到“验杂”的目的。 3、种质资源研究 4、杂种优势成因分析与预测 5、标记辅助选择（Molecular marker-assisted selection, MAS） 基因聚合 标记辅助回交育种、等 如，长药野生稻Xa-21（抗白叶枯病）→MAS→转移到明恢63和密阳 46 →抗白叶枯病的新恢复系。 三、分子标记辅助选择育种技术 （一）原理：有利（抗性）基因与分子标记紧密连锁→检测分子标记 →对有利 （抗性）基因进行间接选择。 利用分子标记辅助选择技术对目标基因的选择，称为前景选择（foreground selection）。 前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。 对基因组中其他部分（即遗传背景）选择，称为背景选择（background selections）。 背景选择的对象几乎包括了整个基因组。 从MAS基本原理可以看出，要开展MAS育种，必须具备如下条件： ①分子标记与目标基因共分离或紧密连锁（精确定位）。两者的遗传距离越小越好，最好lcM或更小。 (1 cM=1%的重组率)。 ②选用的分子标记重复性好，效果稳定（RFLP、SSR等）。 ③分析手段高效、快速。目前，主要应用PCR技术。 ④相应的统计分析方法和