构建Alport综合征患者iPSCs差异性表达microRNA%2c+proteome%2c+transcriptome的关联调控网络.pdfVIP

万方数据 摘要 目的：构建来源于 Alport 综合征（Alport syndrome ，AS ）的多能诱导干细胞（induced pluripotent stem cells ，iPSCs ）差异性表达的微小核糖核苷酸（microRNA ），蛋白组（proteome ）, 转录组（transcriptome ）的关联分析图。寻找特异性的microRNA ，proteome ，transcriptome, 并且从关联分析图中发现microRNA ，proteme ，transcriptome 主要的关联位点。 方法：我们首先发现了一个呈X 连锁遗传的AS 的家系，从这个家系中选取3 名AS 患者与 3 名健康者 （Normal control ，NC ）作为实验参与者。在前期工作中，我们成功的从实验参 与者的尿液中的尿肾状杆细胞诱导成iPSCs 。提取iPSCs 的总RNA ，transcriptome ，proteome 。 然后运用高通量测序方法（high through-put sequence ）获得microNRA ，通过对microRNA 进行纯化，分类，长度计算，碱基突变等分析后，进一步对microRNA 进行差异性表达的分 析，找出具有意义的差异性表达microNRA 。同理，运用同样的方法获得transcriptome ，并 对transcriptome 进行差异性表达的分析，找出具有意义的差异性表达transcriptome 。运用同 位素标记相对和绝对定量技术（Isobaric Tags For Relative And Absolute Quantitation ，ITRAQ ） 获得proteome ，并对proteome 进行差异性表达分析，找出具有差异性表达proteome 。接着 运用KEGGSOAP (/packages/2.4/bioc/html/KEGGSOAP.html)对差 异性表达的 microRNA 与 transcriptome 进行关联分析，运用软件 PicTar2005 (http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin/PicTar_vertebrate.cgi),miRanda( http://www.ebi.ac.uk/enright- srv/microcosm/htdocs/targets/v5/), 与 TargetScan5.1(/)构建关联分析 图。同理用同样分方法进行microRNA 与proteome 关联分析，构建关联分析图谱。最后把 差异性表达的microRNA ，transcriptome 与proteome 三者综合起来，全面进行关联分析，构 建三者之间的关联分析图。 结果：在蛋白水平上，我们发现 899 个差异性表达proteomes ；在RNA 水平上，我们发现 830 个差异性表达的 microRNAs ；在转录组水平，我们发现 1168 个差异性表达的 transcriptomes 。关联分析发现 156 个差异性表达的 microNRAs 与 382 个差异性表达的 transcriptomes 有密切关联；26 个差异性表达的microRNAs 与25 个proteomes 密切相关；189 个差异性表达的proteomes 与237 个差异性表达transcriptomes 密切相关。在microRNA 与 transcriptome 关联分析中，最具有特异性的microRNA 是hsa-mir-4775 ，与27 个transcriptomes 相连，最具有特异性的transcriptome 是RNF128 与RGPD8 ，与10 个microRNAs 相连；在 microRNAs 与 proteomes 关联分析中，最具有特异性的 microRNA 是 hsa-miR-6760-5p 与 3