第二章微生物多样性.pptVIP

生物多样性(biodiversity)这个单词是一个新创造的组合词，由生物(bio)和多样性(diversity)组合而成。biological diversity由托马斯·拉夫卓伊(Thomas Lovejoy)于1980年提出，而biodiversity则由昆虫学家威尔逊(E. O. Wilson)于1986年在国家研究委员会(National Research Council, NRC)举办的首次美国生物多样性论坛报告中提出。 微生物多样性（Microbial Diversity）是一定区域范围内的所有微生物种类和它们的生态环境总和。 微生物生态系统多样性（Microbial ecosystem diversity） Diversity arises from the balance between speciation and extinction rates. “…one reason for the high genomic diversity observed in prokaryotic communities in soil and sediments is the large populations of organisms and the capacity to accumulate large numbers of mutations.” 传统平板培养方法（traditional culture-dependent methods） 群落水平生理学方法（community level physiological profile，CLPP） 生物标记法（Biomakers） 分子微生物学方法（Molecular microbial diversity ） 传统培养分离方法是将定量样品接种于培养基中，在一定的温度下培养一定的时间，然后对生长的菌落计数和计算含量，并通过在显微镜下观察其形态构造，结合培养分离过程生理生化特性的观察鉴定种属分类特性。培养分离方法采用配比简单的营养基质和固定的培养温度，还忽略了气候变化和生物相互作用的影响，这种人工环境与原生境的偏差使得可培养的种类大大减少(仅占环境微生物总数的0.1%～10%)。而且，此方法繁琐耗时，不能用于监测种群结构的动态变化。 该方法最初由美国的BIOLOG公司于1989年开发成功，最初应用于纯种微生物鉴定，至今已经能够鉴定包括细菌、酵母菌和霉菌在内的2000多种病原微生物和环境微生物。 这种方法是基于微生物群落对95种不同碳源的利用度来描述群落中微生物的动态变化。其具体做法是：利用由95孔不同单一C源和1个对照孔组成的Biolog微平板系统，将土壤溶液接种到每一个微平板孔中，在一定的温育时间内，由于不同微生物对不同单一C源利用程度和强度不一样而发生不同生化代谢反应，最终使得每一个孔的溶液呈现出不同程度的颜色，微平板中每一孔的颜色变化可以通过酶标仪测定和记录下来，这样便可得到土壤微生物特有的“代谢指纹”(Metabolic Fingerprint)。根据土壤微生物的代谢指纹图谱，结合有关的计算机分析软件和己有的菌种库资料，可以得到某些微生物的分类鉴定，对一般细菌的鉴定可以精确到种，有的甚至精确到种以下的分类单元 。 磷脂是构成生物细胞膜的主要成分，约占细胞干重的5%。在细胞死亡时，细胞膜很快被降解，磷脂脂肪酸被迅速的代谢掉，因此它只在活细胞中存在，十分适合于微生物群落的动态监测。另一个重要因素是脂肪酸具有属的特异性，特殊的甲基脂肪酸已经被作为微生物分类的依据。磷脂脂肪酸谱图分析法首先将磷脂脂肪酸部分提取出来，然后用气相色谱分析，得出PLFA谱图。 荧光原位杂交是在20世纪80年代末在放射性原位杂交技术的基础上发展起来的一种非放射性分子细胞遗传技术,以荧光标记取代同位素标记而形成的一种新的原位杂交方法。它根据已知微生物不同分类级别上种群特异的DNA序列，以利用荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为探针，与环境基因组中DNA分子杂交，检测该特异微生物种群的存在与丰度。该方法的特点是可以进行样品的原位杂交，应用于环境中特定微生物种群鉴定、种群数量分析及其特异微生物跟踪检测，是目前在分子微生物生态学领域应用比较广泛的方法之一。 采用限制性内切酶识别双链DNA分子中特异的短列，在特定的位点将DNA切开，来自不同个体基因组的含同源序列的酶切片段具有不同的长度。通过常规的电泳分离，不同长度的片段停留在不同的位置，即形成了限制性片段长度多态性指纹图谱， ARDRA(扩增rDNA限制性分析)和T-RFLP(末端RFLP)都是由RFLP发展而来的方法。T-RFLP法在PCR扩增进程中使用荧光标记的引物，因而PCR产物被末端标记。RFLP(ARDRA，RFLP)方法通常选择rRNA