萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发.pdfVIP

园 艺 学 报 2012,39(7)：1303—1312 http：／／、)Irv ahs．ac．cn Acta月_0rticulturaeSinica E-mail：yuanyixuebao@126．tom 萝 I＼EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标 记开发 崔 娜，邱 杨，李锡香 ，沈 镝，王海平，宋江萍 (中国农业科学院蔬菜花卉研究所，农业部蔬菜作物基因资源与种质创制北京科学观测实验站，北京 100081) 摘 要：从NCBI数据库下载了287349条萝 卜EST序列，经预处理后得到无冗余EST序列 58105 条，全长 38622．476kb。利用MISA搜索 SSR位点，得到含有 SSR位点的EST序列3523条，共 3718 个 SSR，平均每 1O．39kb就出现 1个 SSR。分析发现萝 卜EST序列中存在265种重复基元类型，其中二、 三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型，二核苷酸中以比例高达91．34％的AG／CT重复基元为主；三核 苷酸中主导的重复基元类型是AAGC／TT，比例为35．86％；六核苷酸中，存在两种主要的重复基元，分别 为AAGGAG／CCTCTT和AAGAGG／CCTTCT，所 占比例为 12．78％。这些结果表明，萝 卜EST-SSRs出现 频率较高，类型丰富，具有 良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3．0批量设计，并以不同主导 重复基元类型初步合成 183对EST-SSR引物，以12份典型萝 卜种质、1对亲本及其 F的基因组 DNA为 模板，对其有效性进行验证，筛选出有清晰扩增产物的引物 159对，其中具多态性引物64对；在试验亲 本及其F 中表现多态性的引物30对，共显性引物27对。 关键词：萝 卜；EST．SSR特征；标记开发 中圈分类号：S631．1 文献标识码：A 文章编号：0513．353X (2012)07．1303．10 Data M ining for SSRs in EST Rescources and EST-SSR M arkers DevelopmentinRadish CUINa，QIUYang，LIXi．xiang，SHENDi，WANGHai-ping，andSONGJiang．ping (1nsitituteofVegetablesandFlowers，ChineseAcademyofAgriculturalSciences，BeijingResearchStationofVegetable CropGeneRecourceandGermplasmEnhancement，Min~tryofAgriculture，PRChina，Riculture，Bejiing100081，China) Abstract： A totalof 287 349 ESTsofradish were downloaded from NCBIdatabase．After preprocessing，58105non—redundantES1’swiththetotallengthof38622．476kbwereobtained．Byusing theM ISAprogram，atota1of3718SSRswereobservedin3523ESTsandtheaveragedistnacebetween SSRswas10．39kb．265typesofmotifswerefoundinradish’SESTsandthedominnatmotifstypesare dinucleotide，trinucleotideandexanucleotiderepeats．AG／CTwasthemainmotifstype (91．34％)in dinucleotiderepeats；AAG／CTTwasthemainmotifstype(35．86％)intrinucleotide；AAGGAG／CCTCTT nadAAGAGG／CCTTCTwerewtomainmotifstypes(total12．78％)inexanucleotide．Comprehensively analysisindicatedthatEST-SSRsofradishwithhigh~equeneyand