分子进化和系统发育.pptVIP

* 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * 这个 * * * 物竞天择适者生存 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * Tree 1突变位点4 Tree 2突变位点5 Tree 3突变位点6 用最大简约法构树, 选择最小变化的拓扑树 Tree 1突变位点4 MP tree最优结果为Tree 1 Tree 2突变位点5 Tree 3突变位点6 根据最大简约法构建的最优树 2. 距离法 又称距离矩阵法，首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。再依据进化距离，分别依次将序列合并聚类，构建进化树。 一种简单的距离矩阵 距离数据 (distance data) ： 涉及成对基因、个体、群体或物种信息，常用距离矩阵描述，表示两个数据集之间的关系。 构树方法: UPGMA 非加权分组平均法 (UPGMA, Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean） 最近分类群 分类群聚类 计算平均距离 构树方法: UPGMA 新的距离矩阵计算： 如分类单元i和j，所形成的新的聚类群（ij），新聚类群到其他分类单元k的距离计算如下： 其中ni，nj，（ni+nj）分别为分类单元i、j和（ij）类的元素个数。 A B C D E B 2 C 4 4 D 6 6 6 E 6 6 6 4 F 8 8 8 8 8 1）通过两两比较，获得一个距离矩阵 构树方法: UPGMA A B E C D F 2) 找到距离矩阵中最小的距离，在这个例子中最小距离是A 和 B A B C D E B 2 C 4 4 D 6 6 6 E 6 6 6 4 F 8 8 8 8 8 构树方法: UPGMA 将 A 与 B 相连并给每一个分支赋予一半的距离。 构树方法: UPGMA A B E C D F A B C D E B 2 C 4 4 D 6 6 6 E 6 6 6 4 F 8 8 8 8 8 2) 将(AB) 作为一个单元考虑，根据聚类结果来重新计算距离 d(AB),C=d(AC)/2+d(BC)/2=4 d(AB),D=(dAD)/2+d(BD)/2=6 d(AB),E=(dAE)/2+d(BE)/2=6 d(AB),F=(dAF)/2+d(BF)/2=8 构树方法: UPGMA A B E C D F A B C D E B 2 C 4 4 D 6 6 6 E 6 6 6 4 F 8 8 8 8 8 2) (AB) 作为一个新的聚类单元，依次计算所有影响到的距离 构树方法: UPGMA AB C D E C 4 D 6 6 E 6 6 4 F 8 8 8 8 AB C D E C 4 D 6 6 E 6 6 4 F 8 8 8 8 3) 找到下一个最小的距离(D与E) 构树方法: UPGMA 将 D 与 E 相连并给每一个分支赋予一半的距离。 构树方法: UPGMA AB E C D F AB C D E C 4 D 6 6 E 6 6 4 F 8 8 8 8 3) 将(DE) 作为一个单元考虑，根据聚类结果来重新计算距离 例如， (DE) 与 (AB)的距离 等同于(dAD+dAE+dBD+dBE)/4=(6+6+6+6)/4=6 构树方法: UPGMA E C D F AB AB C D E C 4 D 6 6 E 6 6 4 F 8 8 8 8 3) 依次计算所有影响到的距离 构树方法: UPGMA AB C DE C 4 DE 6 6 F 8 8 8 AB C DE C 4 DE 6 6 F 8 8 8 4) 继续找到下一个最小的距离（C与 (AB)） 构树方法: UPGMA 将 C 与 (AB) 相连并给每一个分支赋予一半的距离。 构树方法: UPGMA DE C F AB AB C DE C 4 DE 6 6 F 8 8 8 4) 将((AB)C) 作为一个单元考虑，根据聚类结果来重新计算距离 例如， ((AB)C) 和(DE)的距离 等同于（dAD+dAE+dBD+dBE+dCD+dCE)/6=6 构树方法: UPGMA DE C F AB AB C DE C 4 DE 6 6 F 8 8 8 4) ((AB)C) 作为一个新的聚类单元，依次计算所有影响到的距离 构树方法: UPGMA ABC DE DE