玉米器官大小相关基因SMO2的鉴定和特征分析.docVIP

玉米器官大小相关基因SMO2的鉴定和特征分析 摘 要：利用生物信息学方法，从玉米基因组中鉴定出一个与拟南芥的SMO2基因同源的基因，并对这个基因的染色体分布、遗传进化、顺式调控元件等进行了分析，以期为该基因的克隆及功能研究提供有益信息。 关键词：玉米；SMO2基因；遗传进化；顺式元件 中图分类号：Q781文献标识号：A文章编号：1001-4942（2013）03-0004-03 . Key words Zea mays L.； SMO2； phylogeny； cis-elements 玉米作为我国最重要的粮食作物之一和典型的C4类模式植物，杂种优势强，产量高，在粮食生产和单子叶植物功能基因组学研究中具有重要地位。随着水土资源的日益匮乏和粮食需求的日益增加，粮食安全问题日益突出。如何提高农作物的产量，是我国迫切需要解决的重大课题。从作物自身的遗传因素入手，解析影响产量形成的遗传因子及其作用机理，是进行农作物产量遗传改良的重要基础[10]。近年来多个植物器官大小和产量相关基因被克隆，如ARGOS、DA1、ARF2、SMO2、DEP1、GW5、GW2、GS3等[1，2，4，6，8，11，14～21]，玉米中已克隆的与器官大小和产量相关的基因有CNR1、GS3、GW2等[3，5，12，13]。 SMO2是拟南芥中控制器官大小的正调控因子，这个基因突变以后拟南芥植株地上部变小，根系变短，细胞分裂的速度降低；另外还调控种子萌发和ABA的应答，该基因突变后拟南芥种子萌发延迟，对ABA超敏感，过量表达SMO2基因降低拟南芥种子对ABA的敏感性[6，7]。目前，有关SMO2的研究在单子叶植物中还未见报道。本试验利用比较基因组学的方法从玉米中鉴定出一个与拟南芥SMO2基因同源的序列，并对这个基因的染色体分布、遗传进化和顺式调控元件进行了分析，为进一步克隆和研究其在玉米生长发育中的功能奠定了基础。 1 研究方法 利用拟南芥SMO2基因序列在GenBank中搜索比对玉米的基因组序列 （http：///Blast.cgi），寻找玉米SMO2基因序列，并对它的染色体分布、遗传进化和顺式元件进行分析。遗传进化分析利用MEGA4.1进行，采用Bootstrap test-Neighbor Joining 方法，重复500次运算，顺式元件预测采用PlantCARE软件进行在线分析。亚细胞定位预测在WoLF PSORT （http：///） 中进行。 2 结果与分析 2.1 玉米SMO2基因的鉴定和遗传进化分析 利用拟南芥SMO2基因序列在GenBank中搜索比对玉米的基因组序列，结果在玉米的2号染色体上发现了一个SMO2类似序列，位于人工细菌染色体文库克隆AC210087.3中（见表1）。它没有内含子，编码区为396 bp，预测编码的蛋白定位到细胞质中。序列分析表明，ZmSMO2与AtSMO2的序列一致性为51.15%，而与SbSMO2的序列一致性高达96.95%，与水稻的序列一致性为69.92%，与小麦的序列一致性为74.44%。不同物种SMO2遗传进化分析也表明，玉米和高粱的SMO2关系最近，同属一个分支，与小麦、水稻等的关系较远，但同在一个类群。而双子叶植物拟南芥、番茄、蒺藜状苜蓿等的SMO2与单子叶植物的SMO2关系较远，分在另一个类群（见图1）。 2.2 玉米SMO2基因的顺式调控元件分析和功能预测 顺式调控元件分析表明，玉米的SMO2基因启动子及上游序列中含有ABA应答元件ABRE 3个，茉莉酸甲酯应答元件CGTCA-motif 3个，赤霉素应答元件GARE-motif 2个和TATC-box 1个， 热胁迫应答元件HSE 1个， 干旱应答元件MBS 1个， 水杨酸应答元件TCA-element 3个，还有生长素应答元件TGA-element 2个。生长素、赤霉素、茉莉酸甲酯都和植物的生长发育相关，而ABA和水杨酸与植物的非生物逆境应答、种子萌发和生物胁迫应答有关。根据以上分析，本试验认为玉米SMO2基因与AtSMO2具有相似的功能，参与了细胞分裂和器官发育、ABA应答、种子萌发和逆境应答过程，值得深入探讨研究。 3 结论 本试验利用生物信息学方法，从玉米的基因组中鉴定出一个与拟南芥器官大小相关基因SMO2同源的基因。它不含内含子；系统进化分析表明它与高粱SMO2的相似性最高，与小麦、高粱、大麦等的SMO2位于同一类群；顺式元件分析表明，玉米的SMO2基因上游序列含有多个激素和逆境应答元件，可能参与多个玉米生长发育过程。本试验为进一步克隆和研究玉米SMO2的功能奠定了基础。 参 考 文 献： [1] Anastasiou E， Kenz S， Gerstung M， et al.Control of plant organ size by KLU