生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学.docVIP

ANTHEPROT 5.0简单使用说明 生物技术2002 房磊 021402144 生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学。对蛋白质的研究是生物化学领域一个非常重要的部分。但是众多蛋白质的复杂序列数据，其分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是很难完成如此大量的分析工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，对众多的蛋白质序列数据，进行蛋白序列分析就是最好的解决方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0正是这样的一个程序包。 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0是法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）开发的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。更重要的是此软件包为免费软件。? 软件分为三个版本，分别用于Unix系统，DOS系统与WINDOWS95或98系统，以用于WINDOWS系统的版本为例，介绍一下这个软件的基本用法。 软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe_5_0.exe，大小为2,013,184 字节。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。 其文件如下图 软件运行后的主程序中按钮 是极其简单的相关介绍，基本无任何用处。但是在软件目录中的自解压压缩文件doc_ant.exe文件，可以解压在另一个目录，是HTML格式的介绍文件，对软件进行了一些较详细说明介绍。如图 运行Documentation_antheprot.html即可。 主程序名为Anthewin，双击便打开了ANTHEPROT 5.0主窗口。也可以在桌面上建立它的快捷方式，双击快捷方式运行ANTHEPROT 5.0主程序。 通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作，可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。 一． 序列编辑功能 ANTHEPROT 5.0的主窗口便是其序列编辑窗口，如图: 可以使用 按键或菜单中的File/Open(或快捷键Ctrl+0)命令打开各种序列文件（其他按钮在后面说明），程序识别的文件类型包括： 单序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT 3.3支持以下格式的单序列文件：DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式与IG/Stanford格式); 含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限为30条序列或32K文件大小); ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN 含有ClustalW格式的多队列； 含有多队列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL； 在Prosite 蛋白数据库中查寻出Site结果的文件：*.SIT， 蛋白质原子空间结构的PDB格式文件：*.PDB； 使用IBCP（http://wwww.ibcp.fr/predict.html）*.CNS； 序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入，或者以*.SEQ等文件格式载入，也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有开始的为序列蛋白的名称，其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子： MBN VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDL KKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGD FGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG 程序支持的一些编辑功能如下： 取消，恢复（Undo）：Ctrl+Z。 查找Ctr