培训课件--HLA基因SBT法分型产品培训.ppt

HLA基因SBT法分型产品培训 2007-10-09 今日主题 1、什么是HLA？ 2、HLA如何分型？ 3、SBT法分型及服务流程？ 4、为什么选择SBT分型？ 5、为什么选择华大？ 什么是HLA? 组织相容性抗原 小鼠：H-2系统 人类：人类白细胞抗原系统 (Human Leukocyte Antigen) 1954年12月23日，美国医生约瑟夫.梅里为一对孪生兄弟实施肾脏移植手术，代表着人类器官移植手术首次取得成功 个体特异的蛋白质 基因水平上HLA有何特点？ 位于第六号染色体的短臂6p21.31区，长3600kb,约占人类基因组的万分之一。 经典HLA基因分为Ｉ类和II类基因，直接参与免疫应答的调控。Ｉ类基因包括A、B、C等座位。HLA-II类基因分为DR、DQ、DP、DO等亚区。 极高的多态性 HLA I类分子基因结构 HLA与器官移植有何关系？ 影响器官移植成功与否 移植物细胞表面I类和II类抗原都是强移植抗原，体液免疫和细胞免疫都参与了对移植物的排斥反应 对HLA配型在器官移植中的临床意义的共识： 1)HLA配型在器官移植中是必要的。 2)不同器官的移植对HLA配型的要求并不一样： 骨髓移植的要求最高，不仅要考虑A、B、DR位点的配型，C和DP位点也应予以考虑。 自1987年以来，将HLA-A、B 和DRB1六位点的配型作为器官移植的标准配型。 HLA如何分型？ 低分辨 ? 高分辨 北京市东城区 SBT分型原理？ 基因水平 SSP (sequence specific oligonucleotide ) SSO (sequence specific primer ) SBT (sequence-based typing) 血清学水平 引物设计很重要！ 华大健康采用SBT的分型方法 依托多年的测序技术和信息分析优势，通过优化实验方案、研发SBT分型试剂，从而有效降低了实验成本，使该方法能够高质量、程序化地实现。 其主要优点是能一次就进行最高分辨率的分型，从而避免了目前常用的SSP和SSO试剂盒需要低、高分辨率的两次分型，并且大大提高了分型的准确程度。 上海血液中心 山东脐血库 解放军302医院 2003年,414例样本进行了HLA分型我们的分型结果与上述三个单位用其它试剂盒的分型结果的符合率为99.5%。 需要指出的是，上述三个单位的分型结果的分辨率均低于我们的分辨率。 到目前我们共完成进6万例 服务流程 检测服务的前期咨询、接收样本 提取样品DNA PCR扩增和PCR产物纯化 测序反应 ABI 3730xl自动测序仪测序 专业软件分型 发出报告 样品说明：要求2ml EDTA抗凝血， 保存条件室温(20-25℃)不超过1周。 为什么选择SBT分型？ 核酸序列直接测定，直观、准确； 易于自动化； SSP和SSO方法得到的HLA新等位基因需要SBT验证； 临床资料显示，高分辨水平（基因水平）匹配可以提高移植后5年存活率； 经济效益； 2004年，美国NMDP资料 BLOOD,2004,104:1923-30 DNA测序是HLA分型的最终金标准。优势：结果更准确、精度最高、能够检测新的等位基因、对其他方法疑难的样本十分有效（尤其是HLA-B）。这一方法已经成为国外组织配型实验室的必备技术，但是由于技术难度较高、测序仪器和SBT试剂盒价格昂贵影响了其在国内的应用。 为什么选择华大基因研究院？ 1、世界一流的技术 毛细管电泳 通过分子量差异读碱基 373测序仪 捕捉每个cluster上不同的荧光信号 Solexa测序仪 Megabace,3700,3730测序仪 96×500bp= 0.48M 40,000,000×35bp= 1400M 高通量低成本的基因分析已成为可能 基因分析平台 Sanger测序仪 Megabase：200台，AB 3730 6台----10M/天 Solexa测序仪：3台 ---2G/天，国际领先 高性能计算与网格系统：深圳、北京、杭州一体化 十兆光纤专网，数据无滞传输 网格体系， 计算无地域分割 北京 深圳 杭州 北京： 300 CPUs，500G 内存， 73T 存储，1.5T 计算峰值 深圳：144 CPUs，336G 内存 100T 存储， 3.0T 计算峰值 目标扩大到30T 杭州：80 CPUs， 300G 内存 13T 存储， 0.5T 计算峰值 2、世界一流的科研成果 1%人类基因组（约三千万个碱基）、水稻基因组