网状进化ppt[精选].ppt

基于多个线粒体DNA和核DNA研究中国野兔的基因渗入杂交和网状进化Reticulate evolution: frequent introgressive hybridization among chinese hares (genus lepus) revealed by analyses of multiple mitochondrial and nuclear DNA lociBMC Evolutionary Biology 2011, 11:223 主要内容 讨论及结论 主要内容 讨论及结论 背景 背景 野兔是独自或成对生活的。在北美洲的北极地区较为普遍的是白靴兔，南部则以长耳兔及其他物种较为普遍。草兔的繁殖力很强，又能适应不同的生活环境，所以分布很广，中国各省几乎都有它们的踪迹。 种间基因渗透可能会导致物种基因发生变化，并产生形态中间体，这就使得物种的鉴别变得麻烦。前人已有报道，在野兔中可能存在基因渗透现象。 用线粒体DNA和核DNA研究野兔的进化历史，就可以研究，揭示其基因流机制，就可以从基因上解释形态中间体，从而为物种的确切鉴别提供依据 中国野兔一直以来根据形态学划分其物种都存在争议，从最开始的七个物种到现在很多形态中间体也作为单一物种，其分类一直是个难点 主要内容 讨论及结论 法 分化时间估算 方法 物种的选择 冬天取样 中国54个地区，均为主要分布区 采用罗氏分类法选取物种，不确定的形态种未选择 共收集了8个物种，124个样本， 方法 物种的选择 物种名称 主要形态特点 L. melainus 全体黑色 L. mandshuricus 全体黑色，除了腹部 L. Capensis 尾巴最长（80-125mm） L. Sinensis 尾巴最短（30-60mm） L. Timidus 全体白毛 L. Yarkandensis 体形比L. Capensis小很多 L. oiostolus ---- L. comus L. hainanus ----- 划为L. mandshuricus 独特种 尾巴背部有黑色斑点 独特鉴别鉴别特征 鉴别特征 方法 DNA提取和PCR扩增 基因组DNA提取用改良的酚-氯仿法； 根据Genbank上已发表的序列设计四种线粒体DNA（Cyt b, COX I, ND4 and D-loop)的引物 采用已发表的论文中的引物扩增核DNA(MGF) PCR产物纯化后测序，在Genbank上比对其同源性； 提取到的同一份DNA分别进行线粒体基因和核基因测序； 核基因PCR产物直接测序后得到杂合子；具有杂合子的个体克隆后进行双向测序； 结果在核基因中有杂合现象，线粒体基因无 方法 序列分析 Clustal X1.81比对，人工校正 GENECO软件中的Sawyer’s方法用来分析核酸的进化 MEG4里的NJ树法进行系统进化分析，MrBayes v3.0b4中的BI方法作为补充方法分析系统发育 Maximum composite likelihood 用来分析进化距离 Modeltest 3.7用来分析最佳DNA替代模型 Akaik信息量准则用来选择最佳模型e 所有的发育树一起构建一个共祖树 方法 分子钟测试和分化时间的估算 Bayesian方法估算分化时间 在PAMLv3.14软件中用BASEML创建一个最大似然的输出文件 PAML2MODELINF以独立线粒体DNA为数据，构建一个模版文件来估算方差和协方差 ESTBRANCHES软件处理方差和协方差数据 MULTIDIVTIM软件分析最终的输出数据，估算分化时间 两个参数：根据文献L. comus and L. oiostolus (1.83 ± 0.669MYA) 根据最早的化石记录L. timidus (0.75MYA) 主要内容 讨论及结论 果 线粒体基因和核基因树之间的矛盾 结果 线粒体DNA和核基因序列特征 A total of 72 haplotypes were defined from the 58 polymorphic sites, 44 of which were potentially phylogenetically informative. 结果 从线粒体DNA推断系统发育 结果 从核基因推断系统发育 结果 5 结果 线粒体基因和核基因树间的矛盾 线粒体DNA 核基因 L. Mandshuricus没有单一谱系，它的序列都在L. timidus or L. sinensis中 L. Mandshuricus聚成一个单独的谱系级别 L. capensis-2,