《基迪奥生物教学资料》练习四、蛋白质谱数据重复性效果判断.pptxVIP

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2017-02-10 发布于浙江
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《基迪奥生物教学资料》练习四、蛋白质谱数据重复性效果判断.pptx

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样本重复性判断数据背景三个时期（A、B、C）蛋白处理的数据，每个时期两个重复，请直观判断每个时期两个重复样本间的变异范围。数据位于data.txt。每一列为两个重复样本间的基因差异倍数（备注：itraq技术得到的结果只有相对值，而没有绝对量）小组讨论判断样本重复性的好坏的方法有哪些；影响蛋白质谱结果可靠性的因素有2个重要因素：1）不同样本的上样量是否一致；2）随机系统误差；这里，我们将用图表来分析这两个因素的控制情况；思路可以使用的方法包括：频率直方图和盒形图，用于判断：1）上下调差异是对称；2）差异的主要集中在哪些区间；个人实操使用1）频率直方图；2）盒形图，判断3个事情样本重复性的还坏。备注：参考脚本位于box_hist.R 中；小组讨论哪些样本有问题；问题的潜在原因是什么？结果解读从密度曲线来看，B组的两个样本差异倍数，明显向B2样本的方向偏离，则说明B2的上样量可能过高。结果解读盒形图更清晰看出这个规律。B组样本只是存在上样量不同的问题。但图形分布整体是对称的，且整体组内变异也较小（四分之一区间较小）。反而是C组样本变异较大。谢谢