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用Phylomatic和PhyloCom进行 群落系统进化分析 ? 张金龙?Jinlongzhang01@ ?（中国科学院植物研究所） ? PhylomaticPhyloCom软件，是哈佛大学的Cam Webb博士、俄勒冈大学的Steve Kembel博士、加州大学伯克利分校的David Ackerly教授编写的一套用于群落物种组成系统发育关系的软件。 Phylomatic是在线软件，可以利用植物名录，按照APGIII的被子植物科的拓扑结构，生成进化树。由于当前物种测序还不够充分，某一个群落中或某一个地区所有物种的某几个基因的序列还不能全部拿到，因此可以用Phylomatic建立基于APGIII骨架的进化树。PhyloCom软件是用来进行群落系统发育与进化分析的。PhyloCom可以为Phylomatic软件得到的进化树拓扑结构，按照一定的规则拟合一定的枝长，其功能还包括：计算群落的系统发育多样性（PD），计算群落的系统发育结构(community structure)，计算群落的系统发育距离(community phylogenetic distance)，分析群落的性状进化(AOT)。 下面就介绍如何使用Phylomatic和Phylocom进行相应的分析。 ? 一?Phylomatic?建立进化树 ? 1??物种名录的准备 复制拉丁文属名，打开?/phylomatic/kewlookup.html 查询每个属所在的科等信息 图1?查询属名所在的APG科 输出结果如下： 图2?属名查询结果 ? 新建一个Excel空白文档，将结果粘贴到Excel中 选中粘贴过来的列，点击Excel的菜单，数据分列分隔符号空格 从中选择APG Fam列 图?3?选取APG科名 将没有查到的属，手动添加相应的科名。 整理种名，去掉去空格和括号，报名命名人等信息 将种名中所有的空格用“.”或者“_”代替。 按照科/属/种的顺序，将各列粘贴到一个新的excel表格中。 图4?删除物种的命名人和括号 图5?将物种内的空格用“_”替换，并粘贴到对应的科属 ? 删除其中的非被子植物。 将非被子植物删除后，选中全部内容，复制后粘贴到记事本中。将其中的制表符，用“/”来替换。所得数据，形式如下： 图?6?将excel表格中的数据粘贴到记事本中，并将tab制表符替换为“/” ? 将所有的科名首字母，改为小写字母。 将所得数据，粘贴到Phylomatic在线对话框中。 2??Phylomatic建树 图?7?将科的起始字母替换为小写字母，并粘贴到phylomatic的对话框中。 ? 数据输出形式，选择默认的Newick即可。点击提交，即可得到无枝长的，newick格式的进化树。 ? (((((((((Castanopsis_eyrei,Castanopsis_carlesii,Castanopsis_fargesii,Castanopsis_tibetana)castanopsis,(Cyclobalanopsis_gracilis,Cyclobalanopsis_glauca)cyclobalanopsis,Lithocarpus_glaber)fagaceae,Myrica_rubra),Elaeocarpus_decipiens),Syzygium_buxifolium),(Daphniphyllum_oldhamii,Loropetalum_chinense)),(((Rhododendron_latoucheae,Rhododendron_ovatum)rhododendron,Vaccinium_carlesii)ericaceae,(Schima_superba,Adinandra_millettii,Eurya_muricata,Camellia_fraterna,Ternstroemia_gymnanthera)theaceae)),((Machilus_thunbergii,Neolitsea.aurata.var.chekiangensis)lauraceae,Chimonanthus_salicifolius)laurales)magnoliales_to_asterales)euphyllophyte; ? 图?8?输出的进化树 将输出网页中的进化树,复制到记事本中，并另存为phylo文件，该文件不要有任何扩展名。 ? ? ? ? ? 二?PhyloCom软件的使用 ? 本部分内容包括：用PhyloCom的bladj模块为进化树添加枝长,.利用PhyloCom中的练习数据，计算群落的系统发育多样性，系统发育结构等。 1?下载phylocom软件 /phylocom/ 图?9?填写信息，并下载phylo