蛋白质组学技术及其在胃肠道肿瘤研究的应用.pdfVIP

蟹白质组学技术及其在胃肠道肿瘤研究的应用 ProtcomiesResearchin for BiomarkersofGastrointestinal ApplicationsIdentifying Malignancies 韩金祥，刘骁勇 山东省医药生物技术研究中心卫生部生物技术药物重点实验室，山东济南250062 LIUXiao-yong，WANGShi—n，HANdin-xiang ofHealth Chma Jinan，250062 蛋白质组学(proteomics)是以细胞或者组织内的全部蛋白质为研究对象，旨在从细胞水平及 整体水平研究蛋白质的组成及其动态变化规律，从而深入认识有机体的各种生理和病理过程。蛋 白质组学集中于动态描述基因调节，对基因表达的蛋白质水平进行定性定量的测定，鉴定疾病、 药物对生命过程的影响，以及解释基因表达调控的机制，从而在探讨疾病的发生机制、诊断防治 以及设计药物分子靶标等方面取得一系列突破，被认为是跨越基因组与临床应用之间鸿沟的桥梁 蛋白质组学的研究内容包括采用高通量的蛋白质组研究技术，识别执行关键生命功能的蛋白 质及修饰复合物并分析相应基因调控网络的特征；不同的生理和病理体系或过程中蛋白质的差异 表达咀及蛋白质与蛋白质，蛋白质与核酸之间相互作用的研究等阱。本文主要探讨了蛋白质组学 研究相关技术及其在胃肠道肿瘤标志物研究中的进展。 蛋白质组学技术的研究进展 蛋白质组学研究对技术的依赖性和要求远远超过基因组学。蛋白质组学研究技术平台主要由 二类技术组成：蛋白质组的分离技术、蛋白质组的鉴定技术和利用生物信息学预测蛋白质结构功 能的数据处理技术。 1．1蛋白质组的制各和分离技术 1．1．1蛋白质组样品的制备 无论采取何种分离和鉴定手段．尽可能多的获得所有蛋白质都是研究蛋白质组关键的第一步。 目前基于红外激光的激光捕获显微切割术(1aser capture LCM技术是一种原位分离的方法，其突出特点是能高效地从复合组织中特异性挑选出某一 特定的同类细胞乃至单个细胞，因而特别适用于肿瘤学方面的研究。例如Shekouh【41等配台使用 激光显微切割和二维电泳技术研究了正常细胞和癌变的胰腺导管上皮细胞，分离对比发现九个差 异表达蛋白点，五个蛋白在肿瘤细胞中上调，另外四个下调。其中～个在肿瘤细胞中表达增强的 蛋白，被确定为钙结合蛋白，S100A6。进一步研究证明S100A6可以作为检测胰腺导管癌的特异 性标志物。虽然LCM技术在肿瘤相关蛋白表达谱研究中被普遍采用，但是由于该法处理样品所 需时间较长，对于低拷贝蛋白检测效率略低，因此在一定程度上限制了其在临床快速诊断中的应 用。 近年来，基于氨激光的微束切割．激光压力弹送法技术(1asermicrobeam pressure catapulting，LMM-LPC)和质谱成像(imagingMS)等方法也得到了长足的发展。 1．1．2蛋白质组样品的分离嘲 得益于固相pH梯度(Immobilized 泳(2-DE)作为核心技术，其第一向为等电聚焦(isoelectric focus，1EF)，蛋白质沿pH梯度分离 至各自的等电点；第二向是十二烷基磺酸钠．聚丙酰胺凝胶电泳(SDS．PAGE)依据分子量大小进 行分离嘲。但2-DE具有许多先天局限性如低丰度蛋白(10wabundance protein)的分辨率太低 而低丰度蛋白往往具有比高丰度蛋白更为重要的生理功能。因此近几年一系列以非凝胶介质的多 维色谱联用分离技术正以高效、快速、高灵敏度的特点成为双向电泳技术的有力补充。 分离后的斑点检测也很重要，染色方法的选取一般要依据研究需求和后续分析的灵敏度而 定。除传统的考马斯亮蓝染色法，银染外，一