16种常见凝固酶阴性葡萄球菌的快速分子鉴定.pdfVIP

中华微生物学秘主;疫学杂忐 2011 句→ 12 月第 31 堂里旦旦 chin J Microbiol Immunol , December 2011 , Vol. 31 , No. 12 . 1129 . ·免疫检测. 16 种常见凝固酶阴性葡萄球菌的快速分子鉴定 刘朝军沈定霞郭静王凯飞李东冬 [摘要] 目的建主对 16 种常见凝固酶阴性葡萄球菌( CN5) 的快速分子鉴定。方法 用 gαp 基因对 16 种常见 CN5 进行扩增和测序，获得序列在 GenBank 进行比对，构建进化树进行同源分析， 同时与 165 rRNA 基因比较。结果 16 种常见 CN5 中 ， gap 基因相似率介于 39% -98% ，人葡萄球 菌和与人葡萄球菌亚种相似率，最高 (98%) ，腐生葡萄球菌与木糖葡萄球菌相似率最低 (39%) ， 165 rRNA 基因相似率介于 969毛 -99% ，至少 2 种细菌 999毛以 t 相似率，最多 4 种葡萄球菌 99% 以上相 似率;进化树同源、分析显示，两种方法在检测缓慢葡萄球菌与松鼠葡萄球菌、产色葡萄球菌与中间 葡萄球菌和人葡萄球菌与人葡萄球菌亚种时，都有很高的可信度 (999岛以t)，而对于其他 10 种细 菌 ， gαp 基因同源分析有较少的不可靠信度 (499岛， 569毛)， 165 rRNA 基因同源分析有较多不可靠信度 (439毛、43% 、 509毛、 56% 、 63% 、 659毛、 769奋)。结论 gαp 基因序列分析能够对 16 种常见 CN5 进行准 确鉴定，同源分析可信度要明显优于 165 rRNA 基因。 [关键词] 凝固酶阴性葡萄球菌;同源分析; 165 rRNA; gap 基因 The rapid molecular identification of 16 common coagulase negative Staphylococcus UU Chαo-jun , SHEN Ding-xia , GUO Jing , WANG Kai -feι ， U Dong巾 ng. 申 Department 0/ Microbiology , Chinese PlA Gen? eral Hospital , Beijing 100853 , China Corresponding author: SHEN Ding-xia , Email:shengdx301@ [ Abstract] Objective To establish the rapid m阳山 diagnosis of 16 common coagulase negative Stα:phylococcus( CN5). Methods DNA sequencing of 16 CN5 would be obtained with gap gene. After the alignment gα:p gene sequences which were available in tbe GenBank , the bacteria were identified with homo? logical alignment and phylogenetic tree , and compared with the 165 rRNA gene. Results The sequence similarity of the gap sequences ranged from 39% to 989毛 in 16 CN5. There were the highest similarity (98%) between S. hominis and S. hominis subsp , and the lowest(399毛) b