ArraySearch A Web-Based Genomic Search Engine英文文献资料.docVIP

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2017-05-10 发布于上海
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ArraySearch A Web-Based Genomic Search Engine英文文献资料.doc

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HindawiPublishingCorporation ComparativeandFunctionalGenomics Volume2012,ArticleID650842,10pages doi:10.1155/2012/650842 ResearchArticle ArraySearch:AWeb-BasedGenomicSearchEngine TylerJ.WilsonandStevenX.Ge DepartmentofMathematicsandStatistics,SouthDakotaStateUniversity,P.O.Box2220,Brookings,SD57007,USA CorrespondenceshouldbeaddressedtoStevenX.Ge,xijin.ge@ Received9August2011;Revised24November2011;Accepted28November2011 AcademicEditor:IanDunham Copyright?2012T.J.WilsonandS.X.Ge.ThisisanopenaccessarticledistributedundertheCreativeCommonsAttribution License,whichpermitsunrestricteduse,distribution,andreproductioninanymedium,providedtheoriginalworkisproperly cited. Recentadvancesinmicroarraytechnologieshaveresultedina?oodofgenomicsdata.Thislargebodyofaccumulateddatacould beusedasaknowledgebasetohelpresearchersinterpretnewexperimentaldata.ArraySearch?ndsstatisticalcorrelationsbetween newlyobservedgeneexpressionpro?lesandthehugesourceofwell-characterizedexpressionsignaturesdepositedinthepublic domain.Asearchquery ofalistofgeneswill returnexperimentsonwhichthegenesaresigni?cantlyup-ordownregulated collectively.Searchescanalsobeconductedusinggeneexpressionsignaturesfromnewexperiments.Thisresourcewillempower biologicalresearcherswithastatisticalmethodtoexploreexpressiondatafromtheirownresearchbycomparingitwithexpression signaturesfromalargepublicarchive. 1.Introduction expressiondata.TheTwoGeneScatterPlottoolallowsauser tovisualizegeneexpressionoverallmicroarrayslidesfortwo genesasascatterplot.TheSpotHistorytoolallowsauser toseepatternsofgeneexpressionoverallslidesforspeci?c genes. Genevestigator[2]providesonlinetoolstoaccesslarge andwell-annotateddatasetsofcuratedmicroarraysamples. The meta-pro?le analysis function of Genevestigator sum- marizesgeneexpressiondataacrossmanysamplesaccording tothebiologicalcontextofthesample.Eachgenesignalin ameta-pro?le(incontrasttoanormalexpressionpro?le) is the average of gene expression levels across samples sharingthesamebiologicalc