第九章基因组序列信息分析2.pptVIP

浏览NCBI转录物图 在人类物理图上设计一个STS White head Institute提供的人类物理图谱 Whitehead放射杂交图 Stanford University放射杂交图 CEPH YAC图 从CEPH服务器得到YAC重叠 第三节 鼠类图谱来源 如果想进一步了解这个STS含量和放射杂交图，通过结果输出栏中“Mapping Information”中 Mapping Information ? ? View all results using the Map Viewer ? stSG51817 Sequence Map: Chr X mv ? Position: 14685194 (bp) ? stSG51817 GM99-GB4 Map: Chr X mv ? Position: 92.32 (cR3000) ? Lod score: 1.21 ? Reference Interval: pTEL-DXS1061 (0-41.7 cM) ?点击Map Viewer 能得到整条染色体上全部STS图谱 点击整条染色体上全部STS图谱中粉红色stSG51817条带，可以关联到“GeneMap‘99”窗口。 点击“GeneMap’99”窗口中RH dbRH94025 可以关联到http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin/wgetz?-id+4Flds1DoXD6+-e+[RHDB-ID:RH94025]网页，给出放射杂交图。 放射杂交图中，每个数字代表每个放射杂交细胞系的PCR结果：0说明PCR结果为负（无反应产物），1说明为正，2说明为“未知”或“未完成”。载体上数字的顺序是很重要的，必须与G4rhp中的正式顺序相对应。 The Whitehead Intitute/MIT Center for Genome Research是两张基因组范围物理图谱的最初来源。其中一张是STS含量图，内含指定为YAC的10000多个标记物，以及一张含12000个左右标记物的放射杂交图。Whitehead所用的G4杂交板（Genebridge 4 radiation hybrid panel）分辨率为～1Mbp，而以YAC为基础作的图分辨率大约为200kbp。 这些图已经和Genethon基因图相结合，产生了一张合图，在平均150kb范围内有20000个STSs。Whitehead图上大约有一半的标记物是表达序列，它们在人类转录物图上也会出现。 WI（Whitehead Institute）图可通过网络从Whitehead Center for Genome Research的主页上得到。沿着“人类物理图项目”（Human Physical Mapping Project）的链接就可以得到感兴趣的图，这些图可通过几种方法浏览。 选择一系列pop-up菜单可以产生所选染色体的图，选择选项按钮可以综合放射杂交图、STS含量图和基因图。与Entrez一样，这些图不是固定不变的。点击一个STS或是重叠群，会弹出关于该图素详细信息的页面。图形式图谱在网址上可按GIF或Macintosh最初模式（PICT）下载。Whitehead网址上还提供了对图谱数据库进行查询的搜索页。这些搜索数据的链接可按名称、GenBank号、STS型号、染色体分配进行搜索。另外，Whitehead网页也可根据功能关键字搜索制图转录序列，并提供与NCBI中的主转录物图的链接。 Whitehead也为那些希望建立他们自己的STS 的研究者提供服务，并将之放在一个或多个图上，这些服务包括： 一个在线的引物选择程序，引物3 将一个STS放在STS/YAC含量图上的服务 将一个STS放在放射杂交图上的服务 Whitehead图远未完善，对合图进行监督性测试就能显示出在基因图、放射杂交图和STS/YAC图上的STSs位置间存在矛盾。这些矛盾表现在合图上仍存在交叉线。解释这些图的一个关键点在于理解这些图在可靠性与分辨率水平不一。基因图骨架在数十兆时能可靠地连接标记物，但在低于约2兆时就无法准确解决两个STS的顺序问题了。 放射杂交图能够测知约10Mb的连接，有效分辨率达～1Mb（更小的间隔也能排序，但是不可靠性逐步增加）。STS/YAC图可以测知两个相互间隔1Mb的STS的连接，估计分辨力达100～300kb。理解图谱时头脑中应有这些尺度上的差异。一般在1Mb的范围以下，STS/YAC图是说明顺序的图谱中最可靠的一种。 在STS含量图中，由于STS和YAC的不等分布，可靠性也会有区域差异。在YAC密集的区域（每一个STS有5个或更多的YAC），