动物遗传标记及其数据处理课.ppt

动物遗传标记及其数据处理 遗传标记是指可以明确反映遗传多态性 的生物特征 在经典遗传学中,遗传多态性是指等位基因的变异. 在现代遗传学中,遗传多态性是指基因组中任何座位上的相对差异. 一.遗传标记的种类 (一) 形态学标记 形态标记是遗传标记的一种，指肉眼可见的或仪器测量动物的外部特征(如毛色、体型、外形、皮肤结构等)，以这种形态性状、生理性状及生态地理分布等待征为遗传标记，研究物种间的关系、分类和鉴定。形态学标记研究物种是基于个体性状描述，得到的结论往往不够完善，且数量性状很难剔除环境的影响，需生物统计学知识进行严密的分析。但是用直观的标记研究质量性状的遗传显得更简单、更方便。目前此法仍是一种有效手段并发挥着重要作用。典型有形态标记用肉眼即可识别和观察到.动物的形态标记可以作为畜禽群体起源及品种特征标志. (二)细胞学标记 细胞学标记是指能够明确显示遗传多态性的细胞学特征.染色体的结构特征和数量特征是常见的细胞学标记. 染色体的结构特征包括染色体的核型和带型.核型特征是指染色体的长度,着丝粒位置和随体有无等.由此可以反映染色体的缺失,重复,倒位和易位等遗传变异;带型特征是指染色体经特殊染色显带后,带的颜色深浅,宽窄和位置顺序等,由此可以反映染色体上常染色质和异染色质的分布差异. 染色体的数量特征是指细胞中染色体的数目的多少,染色体数量上的遗传多态性包括整倍体和非整倍体的变异,前者如多倍体,后者如缺体,单体,三体和端着丝点染色体等非整倍体. 1、普通核型研究 分析染色体数目和形态 1964年，Levan提出染色体划分标准，按绵羊染色体长度依次划分为:1-3号为大的中部或亚中部着丝粒染色体:4一26号为端部着丝粒染色体:X染色体为最端部着丝粒染色体，Y染色体为最小的中着丝粒染色体。 2、分带研究 染色体分带是二十世纪六十年代末发明的一种细胞学新技术，染色体分带技术是经物理、化学等因素处理后，再对染色体进行染色，使其呈现特定的深浅小同带纹的方法。用普通细胞学染色方法，染色体着色是均匀的，但经分带处理后，染色体在纵向结构上显现一定的带纹，这种带纹有可能在小同物种、品种、小同个体或同一个体的小同对染色体上是小同的，而且带纹相对比较稳定。因此，染色体带纹的特征可作为一种遗传标记，用以有效识别染色体，确定染色体组型，从而更深入地研究染色体的结构和功能， Q-分带 Q-分带是最早使用的分带方法，是山卡斯拍森((Casporsson)等首次提出的。Q一分带的特点是用特殊的荧光染料，对中期染色体进行分染，借助于荧光显微镜方可观察到染色体臂上明暗相间的带纹，现用的荧光染料包括芥子喹丫因（QM），但山于此法对设各条件要求高，制片又不能长期保存且其带纹与G一带基木一致，但却不及G带丰富，且分辨率较低，故在家畜分带研究中应用并不广泛。 G-带和R-带 G带，也叫 Giemsa带，R带是Q一带和G-带的反带，1995年，Lannuzzi等证明G-带的阳性带与R-带的阴性带间具有一高度的一致性。1976年在英国Reading召开的第一届国际家畜染色体显带核型标准化会议上，确立的G-带核型成为现代研究家畜染色体畸变和变异的主要依据。 C-带 C-带是在研究RNA / DNA原位杂交时发现的。它是结构异染色质的简称，是证实染色体异染色质分布区域的技术。品种间的多态性(包括性染色体)。 与其它带型相比，C-带的保守性最差，变异性最大，有着广泛的多态现象。在家猪上，C一带的多态性按典型的孟德尔方式遗传。因此可以利用C-带在品种、群体和个体间广泛存在的多态性作为遗传标记来进行品种考察及个体识别，作为选种的标记之一。 Ag-NORs研究 Ag-NORs法主要用来研究核仁组织区(NORs)中18s+28s rRNA基因的功能与转录活性，银染是对Ag-NORs的特异性染色，实际所染物质是靠近NORs的酸性蛋白。一般认为，NORs的大小与rDNA量的多少直接相关，次缢痕大的染色体不仅银染颗粒数目多于次缢痕小的染色体，且次缢痕的大小平行于已所携带的基因拷贝数量。Ag-NORs强度主要反映了rRNA基因的转录速度。Ag-NORs的多态性实际上反映了DNA基因转录活性的多态性和染色体进化速率。通过银染和姬姆萨的连续染色，可进行NORs定位，通常每一个体Ag-NORs的数目是固定的，就是来自同一个体的不同细胞也是如此，NORs在某一特定染色体上的着色程度是其本身固有一的一种特性，而且是可遗传的。 Ag-NORs多态性表现为Ag-NORs的均数和众数的不同。 染色体高分辨显带 这一方法始于Yunis 氨甲喋吟使细胞同步化获得具有更多更细带纹的有丝分裂早期染色体，