Petri网在生物信息学中的应用.pdfVIP

计算机学报 第 30 卷第11 期 Vo l. 30 No. 11 2007 年 11 月 CHINESE JOURNAL OF COMPUTERS Nov. 2007 Petri 网在生物信息学中的应用 林 闯1) 杨宏坤1)单志广Zl 1)(清侬大学计算机科学与技术系 北京 100084) 2) (国家信息中心信息化研究部 北京 100045) 摘 要 生物信息学是一门正在快速发腾的使用数学和计算机技术来构造和分析生物学模型的学科.Petri 网是近 来被用于生物信息学的有效工具，但是应用的深度和广度还有待深入研究.文中综述了 Petri 闷在生物信息学领域 应用的最新研究进牒，主要包括三个方面2 应用位置/变迁网定性分析生物学对象的结构性质;应用随机 Petri 网将 随机性加入到生物学建模和分析中z 应用混合 Petri 网捕述和分析问时具有离散特性和连续特性的生物系统.最后 对 Petri 网夜生物信息学领域的应用情况进行总结并展毁了未来的研究方向. 关键词 生物信息学; Petri 网;生物学网络z 拓扑分析;1=.物学榄拟 中圈法分类号 TP393 Application of Petri Nets to Bioinformatics 2 LIN Chuangl} YANG Hong-Kunl) SHAN Zhi-Guang ) 1) (Department of Computeγ Science and Technology. Tsinghua Univer.ity. Beijing 100084) 2) (Informatization Research Department. State 1ηformation Center. Beijing 100045) Abstract Bioinformatics is a rapidly developing discipline that takes advantage of mathematics and computer technology to construct and analyze biological models. Petri nets are efficient tools used in Bioinformatics recently , while their application needs to be further expanded. The survey which this paper provides of the applícation of Petri nets ín Bioinformatics study includes three parts: Using place/transition system to qualitatively analyze structural properties of biological objects; using stochastic Petri nets to add stochastic properties to biological modeling and analysis; using hybr