SVM的参数优化及在耐热酶和常温酶分类中的应用.pdfVIP

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2017-06-16 发布于山东
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SVM的参数优化及在耐热酶和常温酶分类中的应用.pdf

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V01．29 第29卷第2期食品与生物技术学报 No．2 2010年3月 ofFoodScienceand Mar．2010 Journal Biotechnology 文章编号：1673-168912010)02—0312—05 SVM的参数优化及在耐热酶和常温酶分类中的应用张正阳，须文波+ 丁彦蕊 (江南大学信息工程学院，江苏无锡214122) 搐要：氨基酸的组成是影响蛋白质耐热性的主要因素之一，所以以20种氨基酸所占比例作为特 vector 征向量，利用支持向量机(Supportmachine，SVM)预测蛋白质的耐热性。在比较了几何方法、SVM—KNN和重复训练3种参数优化的方法之后，从中选择了几何方法来优化SVM分类器的参数，并使预测率从85．4％提高到88．2％。从预测率上可知：(1)几何方法优化SVM参数可以有效地提高预测率；(2)氨基酸含量与酶的耐热性之间存在极强的相关性。关键词：支持向量机；氨基酸含量；分类；参数优化中图分类号：TP183 文献标识码：A Parameters of VectorMachinefor Support Optimization and ThermophilicMesophilicEnzyme ZHANG Yan—rui Wen-bo’，DING Zheng—yang，XU (SchoolofInformation 214122，China) Technology．JiangnanUniversity。Wuxi was thataminoacid vitalroleonthe Abstract：It compositionplay protein widelyaccepted this acid intheir was compositionproteinsequence thermostability．Inmanuscript，20一amino chosenasthefeaturevectorofSVMandusedto the SVM．the predictproteinthermostabilityby increasedfrom85．4％to the methodto SVM accuracy 88．2％byusing geometrical optimize couldbe methodis conclusions：(1)geometri