转录组分析概要.pdf

转录组分析 孙明明 S mingming_sun@ B C 转录组分析 • 分析材料收集 • 分析流程概要 • 分析结果展示 S B C 什么是转录组 • 转录组（transcriptome ） – 广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集 合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码 RNA ； S – 狭义上指所有mRNA的集合 B 基因组 转录组 蛋白质组 代谢组 C 人 类 生 老 病 死 奥 秘 相应基因组及注释文件查找 S B C 基因组 S B C 基因组注释文件 • GTF ：Gene transfer format • GFF ：Gene Feature Format) seqname source feature start end score strand frame [attributes] S B C GFF文件格式 S GTF文件格式B C Ensemble基因组浏览器 在线浏览查找地址： • /index.html • /index.html FTP下载地址:S B /pub/ C /pub/plants Ensemble基因组浏览器 在线浏览查找地址： • /index.html • /index.html • 一个强大的工具：BioMart FTP下载地址:S B /pub/ C /pub/plants • Ensemble基因组信息目前是最为全面的一个，使 用较为便捷，尤其在植物方面更为有优势 S B C UCSC基因组浏览器 在线浏览查找地址： • / • 一个强大的工具：Table FTP下载地址 S B /goldenPath/ C UCSC基因组浏览器