一种基于线粒体完全基因组的熵密度分布的脊椎动物系统发育树构建方法.pdfVIP

第29卷第4期 湘 潭 大 学 自 然 科 学 学 报 Vo1．29 No．4 2007年 12月 Natural Science Journal of Xiangtan University Dec．2007 一 种基于线粒体完全基因组的熵密度分布的 脊椎动物系统发育树构建方法 周立前 (湘潭大学 数学与计算科学学院，湖南湘潭4ll105) [摘要] 线粒体完全基因组是一种构建脊椎动物系统发育树的非常重要的数据资源．该文中我们应用基于非序列比对 的熵密度分布方法结合对数关联距离对64种脊椎动物的线粒体完全基因组进行分析处理并构建系统发育树，产生的树 将所选择的生物体分为三个大类：哺乳类(Mammalia)、鱼类(Fish)和初龙下纲(包括鸟类(Birds)和爬行类(Reptiles))，其 拓扑结构与当前已知的用传统方法产生的树相似． 关 键 词：完全基因组；系统发育树；组合向量；熵密度分布；对数关联距离 中图分类号：0221 文献标识码：A 文章编号：1000—5900(2007)04—0021—05 A Method Based on the Entropy Density Profile of Complete Mitochondrial Genomes to Construct Vertebrate Phylogeny ZHOUL 一qtan (School of Mathematics and Computational Science。Xiangtan University。Xiangtan 411105 China) 【Abstract】The mltochondrial complete genomes have proven tO be a very important data source for vertebrate phylogeny construction．In this paper we apply the entropy density profile【EDP)method associated with log—cor- relation distance to analyze the 64 complete mitochondfial genomes and construct vertebrate phylogeny．The gener- ated tree shows that the selected organisms are separated tO three major clusters．One group corresponds tO main- mals，one group corresponds tO fish，and the other one is Archosauria【including birds and reptiles)．The Strut— tures of the trees in topology are largely i n agreement with the current known vertebrates phylogenies yielded by the traditional approaches ． Key words： complete genome：vertebrate phylogeny：composition vector；entropy density profile【EDP)：log — correlation distanee． 脊椎动物线粒体，尤其是其完全基