生物信息学教学资料：使用clustal软件及phylip构建系统发生树.pptVIP

1.要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。 * 用ClustalX及PHYLIP软件构建系统发生树 进化树（Phylogenetic tree）分析 对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤 1 To align sequences，要对所分析的多序列目标进行排列；常用的软件有：CLUSTALX和CLUSTALW。 2 To reconstrut phyligenetic tree，构建一个进化树； 3 对进化树进行评估。主要采用Bootstraping法。 PHYLIP软件介绍 主要包括五个方面的功能： DNA和蛋白质序列数据的分析软件 序列数据转变方面的功能软件，对距离数据分析的软件 对基因频率和连续的元素分析的软件 把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时，对序列进行分析的软件 绘制和修改进化树的软件 对进化树进行评估：Bootstraping法 所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基/氨基酸中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。 这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可