未培养微生物研究的两种新技术及其寻找功能基因的应用.pdfVIP

维普资讯 第 29卷 第 2期 华 侨 大 学 学 报 (自然 科 学 版 ) VoI．29 NO．2 2008年 4月 JournalofHuaqiaoUniversity(NaturalScience) Apr．2008 文章编号： 1000—5013(2008)02—0177—07 未培养微生物研究的两种新技术 及其寻找功能基因的应用 刘慧杰 ，田 蕴 ，熊小京 ，郑天凌 (1．厦门大学 生命科学学院；2．厦 门大学 海洋-U环境学 院，福建 厦门 361005) 摘要 ： 在微生物筛选过程 中，99 的未培养微生物是用传统的方法无法分离的，这极大地限制 了微生物生态 领域中的多样性和利用生物资源等方面 的研究．采用新技术成为研究未培养微生物的技术瓶颈．综述应用 于未培养微生物的两种新技术——宏基 因组和稳定 同位素 ，探讨这两种新技术在寻找功能基 因中的应用 ，特 别是在生态环境 中寻找功能微生物．探讨降解微生物及其功能基因对污染的生态环境进行的生物修复，为进 一 步研究微生物生态多样性及其功能基 因的开发应用打下基础 ． 关键词 ： 未培养微生物；宏基 因组 ；稳定同位素 ；功能基 因；微生物生态 中图分类号 ： Q93-33 文献标识码 ： A 一 般环境 中，占微生物总数仅为 1 的可培养微生物往往被重复培养和筛选 ，而 占99 的未培养 (Non—Cuhurable)微生物用传统的方法却无法分离 ]．未培养微生物对于 自然界和人类的贡献是无法 估量的，这是一个极具潜力 的群体 ，所蕴藏着巨大 的微生物资源是微生物学家和化学家研究的新领 域 ．Stackebrandt等 将那些利用分子生物学技术能够检测到 ，但还不能获得纯培养的微生物定义为 “(至今)未培养微生物”．当前 ，探索未培养微生物的研究方法 已作为微生物学的一个新挑战，成为未培 养微生物研究的技术瓶颈 ，受到极大的关注．近年来 ，对于研究环境微生物的种类和数量 ，发展了生物化 学 4【]、生理学 5【和分子生物学 6【等不需传统培养的方法．其中，分子生物学方法是未来研究环境微生物 生态学和未培养微生物的有力工具 ]．本文从研究未培养微生物的这一关键技术出发 ，对宏基因组技术 和稳定 同位素技术这两种新方法在该领域 的应用进行论述． 1 宏基因组技术 1．1 宏基因组简介 传统依赖培养的筛选方法其实损失 了绝大部分微生物资源 ，由于 占群落中绝大部分的微生物不能 培养，使得科学家发展了一种新方法．这种方法不需要预先培养就能开发这些微生物的基 因组 ，它能从 各种环境 中直接获得所有微生物总 DNA(包括存活 的或已死亡的)．这研究领域被称为 “宏基因组学 (M etagenomics)’’ ． 宏基 因组 (Metagenome)是由Handelsman等在 1998年提 出的新名词．其定义为生境 中全部微小 生物遗传物质的总和 ，包含了可培养和未可培养的微生物基 因，避开了微生物分离、纯化 、培养 的问题 ， 扩大了微生物资源利用的空间．该技术是直接提取特定环境中的总 DNA，克隆到可培养的宿主细胞 中 以构建宏基因组文库 ，从获得 的克隆当中进行功能筛选和序列筛选分析．这显示了它在开发和利用那些 收稿 日期 ： 2007—12—18 作者简介 ： 刘慧杰(1974一)，男；通讯作者 ：郑天凌 (1955-)，男，教授 ，博士生导师，主要从事环境微生物学的研究．E— mail：microzh@xmu．edu．cn． 基金项 目： 国家 自然科学 基金 资助项 目40476047)；福建省 自然科 学基金资 助项 目(D0610021， 2005YZ1023) 维普资讯 l78 华 侨 大 学 学 报 (自然 科 学 版) 不可培养微生物的基因资源，筛选新的功能基因等方面的潜力