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Amber 作为强大的分子动力学模拟程序，包括分子力学优化、分子动力学模拟和自由能微扰等功能，特别是研究生物大分子的动力学模拟及小分子与大分子的相互作用。Amber提供两部分内容：用于模拟生物分子的一组分子力学力场；分子模拟程序软件包，包含源代码和演示。 功能 包含了大约60个程序，主要有： Sander 用来自NMR的能量限制模拟退火。 Gibbs 程序包含自由能微扰(FEP)和热动力学积分(TI)，还允许平均力势(PMF)的计算。 Amber Unix/ Linux, Windows http://www. / * CHARMm（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序，用于生物大分子的模拟，包括能量最小化、分子动力学和蒙特卡罗模拟等。 CHARMm包含具有专家特点的标准最小化和分子动力学方法，包括正则模式计算、相关性分析、量子力学与分子力学相结合的方法等。 程序可为用户提供处理各种小分子、大分子（包括蛋白质、核酸和糖）的经验化能量计算，包括：相互作用能及构象能量、局域最小化、旋转势垒、与时间相关的动力学行为、振动频率等。 模拟过程提供了有关分子结构、相互作用、能量等信息。 CHARMm Unix/Linux http://www. C/ * pKalc 误差范围为0.25pKa范围内。 PrologP 推测化合物的疏水性。 PrologD 可推测在人体吸收过程中不同pH值下的疏水性。 EluEX 快速预测一系列化合物在HPLC中的分离条件。 MetabolExpert 快速预测化合物在人体、植物以及光降解下的代谢产物，是一个基于规则的开放系统。 Pallas Linux, Windows, Web http://www. / * * 6.其它模块：RAYTRACE模块、RMS Fit、SEQUENCE编辑器、晶体构造器糖类构造器、构像搜寻、QSAR特性和脚本编辑器。7.新的力场方法：Amber2、Amber 3、用于糖类的Amber、Amber94、Amber96。8.ESR谱。9.电极化率。10.二维和三维势能图。11.蛋白质设计。12.电场。13.梯度的图形显示。  其它功能：密度泛函理论（DFT）计算、NMR模拟、数据库、CHARMm蛋白质模拟、半经验方法TNDO、磁场中分子计算、激发态几何优化、MP2相关结构优化、新的芳香环图、交互式参数控制、增强的聚合物构造功能、新增基组等等。 * GOLD是一个计算大分子与小分子结合模式的分子对接程序，因其准确性和可靠性在分子模拟圈内评价很高。GOLD的遗传算法最适合虚拟筛选和并行计算。目前发布的版本可在商业的PC GRID系统上使用。 特征 采用遗传算法（GA）进行蛋白-配体对接； 对接时配体完全柔性和蛋白部分柔性； 能量函数部分依赖于来自CSD数据库的构象和非键接触； 打分函数有GoldScore、ChemScore和用户自己定义的打分函数； 多种限制选项； 对接结果后处理工具：SILVER； 自动考虑活性口袋内结合的水分子； 改进的处理金属配位结构方法； 对特别的配体自动衍生GA设置。 GOLD Linux, Windows http://www. ccdc.cam.ac.uk/ * 一个强大通用的Poisson-Boltzmann静电模拟工具，利用DelPhi程序研究各种大分子的静电势，特别是活性位点的特征。 Delphi IRIX/linux,windows /honiglab_public/index.php/Software:DelPhi * CONFLEX的独特之处在于其全面地搜索柔性分子构象空间，以找到每一个有化学意义的最佳结构，并且不依赖于用户输入的初始构型。在这方面的功能上，CONFLEX优于同价位的其他软件，穷举搜索，快速且精度高，可处理大量分子，平行计算。 CONFLEX Mac, Linux, Windows http://www.conflex.us CONFLEX的计算结果能以多种形式输出，允许应用在从头计算或可视化显示上，比如应用于BARISTA软件。 * BOSS 是通用的分子模拟软件，有分子力学（MM）计算、蒙特卡洛（MC）统计力学模拟和半经验AM1、PM3和PDDG/PM3量子力学计算。MM计