h5n1 ns1蛋白的功能验证 - abc.pdfVIP

H5N1 NS1蛋白的功能验证 主讲人：王增 小组成员：高奇、王雪枝、慈彦鹏 目录 1.研究背景 2.研究目的 3.对NS1的分析 3.1序列比对、进化树的构建 3.2信号肽分析 3.3跨膜分析 3.4运用weblab工具简单分析 3.5用SPdbViewer进行功能验证 4.参考文献 5.致谢 1.研究背景 NS1是AIV的一种非结构蛋白，在病毒侵染机体的过程 中具有抑制先天性免疫应答的作用。 N端作用：通过与dsRNA的结合，抑制IFN的产生、 阻断siRNA的抗病毒作用。 C端作用：抑制宿主细胞pre-mRNA的加工出核，最 终抑制宿主细胞蛋白质的合成。 1.研究背景 已知N端发挥抗病毒作用的关键位点是35位、38 位的Arg 已知C端的功能作用与182位的Trp具有很大的关 系 2.研究目的 通过用生物信息学软件对具有代表性的H5N1 的NS1序列、结构和功能的分析，来验证 NS1在抑制先天性免疫应答中的重要性。 3.1序列比对 3.1序列比对 3.1序列比对 3.1序列比对 保守位点 131 57% 变异位点 99 43% 只有一个突变的位点 66 29% 3.1构建进化树(H5N1) 3.2信号肽分析 3.2信号肽分析 从以上结果可以分析得出，NS1没有信号肽的存 在，但是在Uniprot中有核定位信号，这样看来两 者结果不符。 解析：NS1不是分泌蛋白，核定位信号依旧存在 于成熟的NS1蛋白中，是不需要切割的，因此检 测不到切割位点。 3.3跨膜分析 3.3跨膜分析 NS1是一个内部非结构蛋白，通过与 宿主蛋白或dsRNA的结合发挥作用， 没有跨膜为正常现象。 3.4用weblab进行分析 Segment 8 full length: 865 bp (RefSeq: A/Goose/GD/1/96 ） NS1: 15-707 NS2 (NEP): 15-44,517-852 3.4.1 Plotorf 3.4.2 Sixpack 3.4.3 Getorf 结论：NS1完整，NS2不完整 3.4.4 分析 因为编码NS2的核苷酸序列分为两部分 （15-44,517-852 ），第二段开头有没有起 始密码子，所以软件不能把这两部分识别 成一段完整的序列，导致无法分析出结果。 但对于编码连续的的氨基酸可以分析出结 果。 3.5.1 背景 3.5.1 背景 3.5.1 结论 可以看出NS1的RNA-binding domain 中的35和 38的Arg在所有的序列中都比较保守，对功能具 有很重要的影响。 3.5.2 N端 • 从PDB中找到相应的结构（PDB ID: 2ZKO ），分 析其与