免预设间隔约束的对比序列模式高效挖掘 - 计算机学报.pdf

第 卷 第 期 计 算 机 学 报 ３９ １０ 　 　　 　　 　　 　　 Ｖｏｌ．３９ Ｎｏ．１０ 年 月 ２０１６ １０ ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＣＯＭＰＵＴＥＲＳ Ｏｃｔ．２０１６ 　 免预设间隔约束的对比序列模式高效挖掘 ） ），），） ） ） ） ） １ １ ２ ３ １ １ １ １ 王慧锋 段 磊 左 稢 王文韬 李钟麒 唐常杰 　 　 　 　 　 １）（四川大学计算机学院 成都 ６１００６５） 　 　 ２）（四川大学华西公共卫生学院 成都 ６１００４１） 　 　 ３）（武汉大学软件工程国家重点实验室 武汉 ４３００７２） 　 　 摘 要 对比序列模式在识别不同类别序列样本集合的特征上有着重要的作用 已有对比序列模式挖掘算法需要 ． 　 　 用户预设间隔约束 在不具备充分先验知识情况下，用户不易准确地预设恰当的间隔约束，进而导致不能发现有用 ． 的模式 对此，文中设计了带紧凑间隔约束的最小对比序列模式挖掘算法，实现免预设间隔约束，并对候选模式自 ． 动计算最适合的间隔约束 此外，设计了 种剪枝策略来提高算法的执行效率 通过蛋白质序列、 序列、行为 ． ３ ． ＤＮＡ 序列数据集验证了提出的算法的有效性和高效率． 关键词 对比序列模式；间隔约束；序列数据挖掘 　 中图法分类号 号 ／ ＴＰ３９１ 犇犗犐 １０．１１８９７ＳＰ．Ｊ．１０１６．２０１６．０１９７９ 　　　 犈犳犳犻犮犻犲狀狋犕犻狀犻狀 狅犳犇犻狊狋犻狀狌犻狊犺犻狀 犛犲狌犲狀狋犻犪犾犘犪狋狋犲狉狀狊 犵 犵 犵 狇 犠犻狋犺狅狌狋犪犘狉犲犱犲犳犻狀犲犱犌犪 犆狅狀狊狋狉犪犻狀狋 狆 ） ），），） ） ） １ １ ２ ３ １ １ ＷＡＮＧＨｕｉＦｅｎ ＤＵＡＮＬｅｉ ＺＵＯＪｉｅ ＷＡＮＧＷｅｎＴａｏ