分子模拟的一些基本资料.docVIP

第1章 前 言 1.1 研究背景 1.1.1 分子模拟及其发展 分子模拟(Molecular Simulation)为二十世纪发展起来计算机模拟方法]。根据物理和化学的基本原理建立一种以计算数据(由计算机来执行)来代替实验测量的研究方法,获取相关的物理和化学信息分子模拟模拟材料的结构、计算材料的性质、预测材料行为、验证实验结果（重现实验过程）、从微观角度认识材料，总之是为了更深层次理解结构，认识材料的各种行为。分子模拟的优势在于可以降低实验成本、具有较高的安全性、实现通常条件下较难或无法进行的实验（例如：超低温，低于-100；超高压，高于100Mpa）、研究的反应 R.S.Mulliken获得诺贝尔获奖时的感言是：“总之，我愿意强调我的信念：计算化学的年代已经到来，成千上百的化学家以计算机代替实验室，来获得众多的化学信息。唯一的障碍是你必须偿付机时费。” 阿基米德曾说过：“给我一个支点，我就能够翘起地球。”，但是分子模拟告诉我们:“Give me an enough powerful computer ,I can simulate the whole world”。从1980年开始，每年在Engineering Village中关于“Molecular Simulation”的文章数目由37篇递增到最高5209（2008年）篇。与分子模拟有关的论文，美国（United States）发表的篇数最多，高达16351篇，其次是日本，中国名列第三。 分子模拟作为一种计算机模拟，主要可以进行解释工作和预测工作。前者为实验奠定理论基础，通过模拟解释实验现象、建立理论模型、探讨过程机理等，后者为实验提供可能性和可行性研究，进行方案辅助设计、材料性能预测、过程优化筛选等。不同的分子模拟可以得到不同的信息。量子力学可以计算得到分子的性质，如结构、构象、偶极矩、电离能、电子亲和力、电子密度、过渡态和反应途径等分子力学可以计算分子体系的稳定构象、热力学特性、振动光谱等能量最小化可以探索相空间（phase?spae)和势能面（otential curve)，可以找出局部(local)全局(global)最小点及转化过程的马鞍点(saddl point)；Monte Carlo可以计算复杂分子体系的结构变化特别是相变化分子动力学可以得到复杂分子的热力学、结构、力学性质特别是可以观察体系的动态演变，得到许多与时间有关的动力学性质布朗动力学可以研究蛋白质在水溶液中的折叠过程构象分析可以研究复杂分子稳态和亚稳态结构之间的演变等等。 分子模拟所涉及的研究领域，涵盖了物理、化学、化工、材料、生化等几乎一切可以理论模型进行研究的体系，多数得到与实验结果的计算结果分子模拟己经逐渐成为与实验技术并重的强有力的研究手段。 1.1.2 分子模拟的主要方法 分子模拟的主要量子力学模拟和经典力学模拟，量子力学模拟根据从头算方法、半经验方法、方法，而经典力学模拟的方法主要依据分子力学、分子动力学、蒙地卡罗模拟、布朗动力学。 量子力学是利用波函数来研究微观粒子的运动规律的一个物理学分支学科， （1. 1） 此式中，为薛定谔算子（是一些数学指令）、为电子的波函数、E为能量。但是，分子中含有许多电子，要解此方程并非易事。今日，许多科学家们一方面致力于改进量子计算的方法及增进其精准度，如1999年诺贝尔物理学奖所颁给的密度泛函数理论（density functional theory ,DFT）,即为非常精确的量子计算方法；另一方面，科学家们积极研究提升计算机的计算速度，以期计算较多电子的分子系统。 通过量子力学，我们可以研究原子、凝聚态物质，以及原子核和基本粒子的结构、性质，它与相对论一起构成了现代物理学的理论基础，也正是量子力学的出现，许多现象才得以真正被解释，新的、无法被直觉想象出来的现象被预言，而且基本上所有的物理间的基本相互作用都可以在量子力学的框架内描写。 随着量子力学理论的逐步完善、经验力场的不断开发和更以及计算机的普及和计算速度量的不断提升，半个世纪以来，分子模拟的理论和方法得到了快速的发展，在化学化工、材料科学、生命科学等诸多领域发挥着越来越重要的作用，形成一门专门的学科分子模拟。，国内外的绝大多数科研机构和高等院校都已或正在涉足分子模拟领域，每年在世界范围内发表的相关研究论文数以万计，并且呈趋势。分子模拟所担当的角色也由早期纯粹的解释型逐渐过渡到解释、指导及预测并重型。 分子力学、分子动力学、蒙地卡罗模拟、布朗动力学。 因用量子力学的方法去模拟计算大体系，如上千个原子的聚合物，是不实际的，即便是这种模拟能够进行，大多数情况下得到的大部分都要被舍弃。这是因为在模拟大体系的时候，常常是为了得到统计性质如模量、扩散系数等，而这些量主要依赖于原子核的位置，