沙眼衣原体主要外膜蛋白生物信息学分析.doc

　　沙眼衣原体主要外膜蛋白生物信息学分析 ：朱珊丽，尤孙武，娄崇洁，龚红君，张丽芳 【摘要】 目的：分析和预测E血清型沙眼衣原体(Ct)主要外膜蛋白(MOMP)的结构和功能。方法：采用 计算 机辅助生物软件和 网络 数据库，从Sajor outer membrane protein (MOMP) of Chlamydia trachomatis (Ct) serovar E. Methods: From Sino acid sequences of MOMP ical properties，secondary structure and tertiary structure of MOMP atics embrane 16 times， and the tertiary structure embrane protein. It probably acted as a porin. Conclusion: The characteristics of Ct MOMP can be obtained by online structure predication softydia trachomatis；MOMP；bioinformatics；structure prediction 沙眼衣原体（Chlamydia trachomatis，Ct）具独特的发育周期，有原体（Elementary Body）和网状包涵体（Reticulate Body）两种形式。其独特的生命周期是原体感染细胞发育为网状包涵体，包涵体再分裂为原体释放，进而再次感染细胞的循环过程[1]。Ct是一种在人体内长期生存并又广泛传播的病原体[2]，是我国性传播疾病（sexually transmitted diseases，STDs）的主要病原之一，它在一定条件下能引起异位妊娠、早产、流产及尿道感染等多种疾病。研究发现，Ct感染尚与许多自身免疫疾病发病有关，如衣原体感染后可引起反应性关节炎、Reiter综合征等。目前，尚无Ct感染的特异性预防方法，由于其主要外膜蛋白(major outer membrane protein，MOMP)可在机体内诱导出较强的细胞免疫及产生中和抗体的体液免疫，已成为Ct疫苗的研究热点[3-4]，但Ct MOMP的蛋白特性及其主要功能至今尚不清楚。本研究以E血清型Ct MOMP氨基酸序列为基础，对MOMP蛋白进行了生物信息学分析，为进一步研究Ct的感染与发病机制以及Ct亚单位疫苗的研制等提供理论依据。 1 材料和方法 1.1 材料 国际互联网的生物信息学资源：Sol软件。E血清型Ct MOMP在NCBI的登记号为DQ064286。 1.2 方法 E血清型Ct MOMP氨基酸序列检索自瑞士生物信息研究所提供的S模块分析后，将Ct MOMP氨基酸序列提交到Pcons服务器[5]，得到初步的三级结构分析结果。返回的结果优化后用Spdbv及Rasmol软件进行分析。 2 结果 2.1 Ct MOMP的理化性质 ProtParam 分析显示该蛋白质相对分子质量为42.4 kDa，理论等电点（pI）为5.07，具体氨基酸组成见图1，推测分子式为C1874H2916N498O583S21；不稳定系数(instability index，II)为25.82，表明此蛋白性质稳定；其疏水性平均值（Grand average of hydropathicity，GRAVY）为-0.088，表明其为亲水性蛋白。 2.2 Ct MOMP二级结构分析 应用Expasy服务器上的GOR预测MOMP的二级结构，提示其二级结构由29.77%α-螺旋（Alpha helix，Hh）、18.22%β-片层（Extended strand，Ee）、51.91%无规卷曲（Random coil，Cc)构成，见图1。二维结构显示MOMP蛋白有16个β-片层组成的跨膜区，见图2。 2.3 Ct MOMP三级结构模拟 将其氨基酸序列导入Pcons服务器，返回的结果按照分值排序，选择Pcons和ProQ分值较高的返回数据，将其导入Spdbv及Rasmol软件中，分析推测其三级结构。结果显示Ct MOMP与脑膜炎奈瑟菌自转运蛋白结构域的结构非常相似，两者都是主要由β折叠片层蛋白组成的桶状结构。Ct MOMP有2个螺旋，16个折叠，23个转角和190个氢键；而来自于PDB数据库（PDB ID:1UYN）的脑膜炎奈瑟菌自转运蛋白的结构域[6]，有1个螺旋，12个折叠，33个氢键，没有转角，见图3。 3 讨论 生物信息学（bioinformatics）是一门数学、统计学、 计算 机与生物医学交叉结合的新兴学科，它已广泛地渗透到医学的各个研究领域中，成为生