生物信息学技术在结核分支杆菌ESAT.doc

　　生物信息学技术在结核分支杆菌ESAT ：丁淑琴，史彦奎，杨圆圆，杨凤琴 【摘要】 　　目的 应用生物信息学分析软件预测分析结核分支杆菌ESAT-6基因及相关蛋白的特性。方法 应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站及DNAstar、Rasmol等软件包分析ESAT-6并进行同源比对；预测二级、三级结构，以及预测主要抗原表位等。结果 结核分支杆菌重组抗原ESAT-6与已发表氨基酸序列同源性为90%。预测该蛋白分子质量约为9885.7Da，PI为4.6，4个抗原表位，其结构域位于56-87位。结论 生物信息学技术在结核分支杆菌ESAT-6重组抗原研究中有一定的理论和应用价值。 【关键词】 生物信息学；结核分支杆菌；ESAT-6；重组抗原 　　Abstract: Objective To predict the structure and function of rebinant antigen ESAT-6 of Mycobacterium tuberculosis using bioinformatics method. Methods By online analysis at bioinformatics ./)and Expasy (.expasy. org/), and employing softol to do multi-sequence homological alignment, secondary structure and tertiary structure,antigenic epitope analysis,etc. Results pared ino acid sequence of ESAT-6 of Mycobacterium tuberculosis published , the homologies olecular mass of 9885.7 KDa, PI atic is valuable to the study ESAT-6 of Mycobacterium tuberculosis. 　　Key atics； mycobacterium tuberculosis；ESAT-6；rebinant protein 　　生物信息学是在生命 科学 的研究中, 以 计算 机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和 自然 科学的重大前沿领域之一, 同时也是21 世纪包括临床医学在内的自然科学的核心领域之一。对于感染性疾病中病原体、生物传播媒介、宿主的整体基因信息分析, 抗感染药物的设计, 耐药机制的阐明, 疫苗的研发、个体化的预防策略等均有着日益重要的作用［1］。本文通过生物信息学方法对本室已获得的ESAT- 6( 6KDa Early Secretory Antigenic Target)基因进行进一步预测分析，希望从中尽可能多地搜索和了解该基因的特性及相关蛋白的结构与功能的信息，以便为结核病防治筛选新的诊断抗原分子，为实验研究和应用前景分析提供信息。 　 　1 材料与方法 　　1.1 材料 　　1.1.1 ESAT-6 DNA序列 　　全长基因序列为本实验室从结核分支杆菌标准菌株H37Rv中通过PCR方法获得并亚克隆于pGEM-T中，经BamH I、Xohl I双酶切初步鉴定为阳性克隆菌株送往上海生物工程公司进行核苷酸测序。将克隆基因测序结果输入DNAStar /EditSeq,查找开放阅读框,并对其所编码的氨基酸序列用DNAStar /Protean软件进行分析。 　　1.1.2 分析软件 　　DNAStar（V5.01），下载：.dnastar.； RasMoL ART（http: //smart. embl-heidelberg.de/smart/shootifs.pl）预测其结构域；通过Mobyle (mobyle. pasteur.fr/cgi-bin/portal. py?form= psort)进行亚细胞定位；利用SODEL（/）进行二级三级结构的预测分析，用Rasmol软件包中的三维分子视屏显示。 　 　2 结果 　　2.1 ESAT-6核苷酸及编码的氨基酸序列及理化特性 　　ESAT-6基因序列由288个bp组成，编码95个氨基酸，氨基酸序列为： MTEASTEGNVAGMFA。用DNAStar软件及ExPASy Protemics Server protparam 预测氨基酸序列的分子质量、等电点、稳定性指数等。综合二者结果如下：ESAT-6分子质量单位为9885.7KDa，理论等电点为4.6，碱性氨基酸残基（Arg+Lys）百分比为4.3%，酸性氨基酸残基（Asp+Glu）百分比为9.5%，在哺乳动物、酵母、大肠