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第九章 动物基因组学基础 几种DNA分子标记的比较 HGP的目标 习 题 一、动物基因组学的基本概念 1986年著名遗传学家Mckusick V提出从整个基因组的层次研究遗传学的科学称“基因组学”。 基因组学：是以基因组分析手段，研究基因组的结构组成、时序表达模式和功能，并提供有关生物物种及其细胞功能的进化信息。 基因组学涉及的领域：基因定位、遗传标记、结构基因组学、功能基因组学。 第四节 动物基因组学 (一) 人类基因组计划 人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)是由美国科学家于1985年率先提出，由6个国家的科学家共同参加的旨在阐明人类基因组30亿个缄基对的序列，发现所有人类基因，破译人类全部遗传信息，使人类在分子水平上真正全面认识自我的科学计划。 20世纪人类科学史上三大计划：40年代的曼哈顿(Manhatton)原子弹计划；60年代的阿波罗(Apollo)登月计划；90年代的人类基因组计划 。 二、动物基因组计划及其研究进展 例如：人类的进化？疾病产生的机制？人的生老病死？于是，决定开始进行人的基因组的研究，由此形成了基因组学和人类基因组计划. 1986年，诺贝尔奖获得者Renato Dulbecco发表短文《肿瘤研究的转折点：人类基因组测序》（Science, 231: 1055－1056）。文中指出：如果我们想更多地了解肿瘤，我们从现在起必须关注细胞的基因组。…… 从哪个物种着手努力？如果我们想理解人类肿瘤，那就应从人类开始。……人类肿瘤研究将因对DNA的详细知识而得到巨大推动。” 人类认识自身的必然要求 鉴定人类DNA全部的大约3万个基因； 测定组成人类DNA的所有30亿个碱基序列； 建立包含这些信息的数据库； 改进数据分析的工具； 将相关技术转让给私营机构； 宣布由该计划可能引起的民族的、法律的和社会的问题。 * * 一、遗传标记的发展 遗传标记：指能够用以区别生物个体或群体及其特定基因型，并能稳定遗传的物质标志。 第一节 动物遗传标记 形态学标记：能够用肉眼识别和观察、明确显示遗传多样性的外观性状。如伯乐相马 细胞遗传标记：主要是指染色体核型、带型和数量特征的变异等，反映了染色体结构和数量的遗传多态性。 免疫遗传标记：是以动物的免疫学特性为标记，包括红细胞和白细胞抗原多态性。 生化遗传标记：主要是指在同一动物个体中具有相同功能的蛋白质存在两种以上的变异体。 发展史 分子遗传标记：是一种新的以DNA多态性为基础的遗传标记。 理想的分子遗传多样性具备的特点： ①遗传多样性高； ②监测手段简单快捷，易于实现自动化； ③遗传共显性，即在分离群中能够分离出等位基因的3种基因型。 二、分子遗传标记 利用限制性内切酶消化基因组DNA，形成大小不等、数量不同的分子片段，经电泳分离，通过Southern印迹将DNA片段转移至支持膜上，然后放射性标记的探针与支持膜上的DNA片段进行杂交。 1、限制性片段长度多态性(RFLP) (1) 小卫星(minisatellite DNA)：是真核生物基因组中的可变串联重复序列(VNTR)，具有高度的变异性，核心序列为15～76pb。 (2) 微卫星(MS)：又称简单重复序列(SSR)，是高度重复序列，广泛存在于真核生物基因组中，核心序列为2～6pb。 2、串联重复序列标记(TRS) 3、随机扩增多态性DNA(RAPD) 优点：快速简便，避免了探针制备、分子杂交等繁琐技术，经济实用，实验成本低，无需预先了解基因组DNA序列，对模板DNA需求量少，可用引物数多，标记覆盖整个基因组，多态信息含量中等。 不足：标记重复性差，可比性不强，PCR扩增条件中稍有差异，就会导致扩增结果发生改变；标记呈显隐性遗传，无法判定杂合子和显性纯合子。 4、扩增片段长度多态性(AFLP) 优点：是PCR和RFLP相结合的一种产物，兼有两者的技术优点，同时又克服RFLP技术的复杂性，和RAPD的稳定性差、标记呈显隐性遗传的缺点。 不足：大部分标记呈显性遗传，操作不如RAPD简便，实验成本较高。 5、单核苷酸多态性标记(SNP) 是指染色体上某个位点存在单个碱基的变化，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等。 特点：高密度；代表性；易实现自动化分析，容易实现自动化分析。 6、线粒体DNA标记(mtDNA) mtDNA进化率极高，比核DNA高10 ～20倍，且呈严格的母系遗传，使得mtDNA标记非常适合动物单亲亲缘鉴定、种质资源的起源、分子进化和分类的研究。 唯一的非编码区是D-环区(D-Loop)，其碱基岐变率比mtDNA分子其他区域高5～10倍， D-Loop 分析是mtDNA多态性研究的重要内容。 优点 RFL