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西北农林科技大学农学院教案学年第学期教研室遗传学课程名称生物信息学授课对象种科系级本科生授课教师童维职称职务讲师教材名称生物信息学年月日生物信息学课程教案章节名称第八章基因组测序与分析第四节比较基因组分析课堂讲授教学时数教学目标了解比较基因组分析的作用及如何开展比较基因组工作理解基因组统计信息层级的比较基因组分析理解蛋白质层级的比较基因组分析理解基因共线性层级的比较基因组分析理解基因组序列比对层级的比较基因组分析授课内容要点简要回顾上节课讲述的基因组注释内容请同学回答上次所留思考题得到一新拼接成
西北农林科技大学农学院
教 案
2015 —— 2016学年第 1 学期
教 研 室 遗传学
课 程 名 称 生物信息学
授 课 对 象 种科系2013级本科生
授 课 教 师 童维
职 称 职 务 讲师
教 材 名 称 《生物信息学》
2015年 7 月 2 日
《生物信息学》 课程教案
章节名称:
第八章 基因组测序与分析 第四节 比较基因组分析 课堂讲授( 1 ) 教学时数 1 教学目标：
1. 了解比较基因组分析的作用，及如何开展比较基因组工作；
2. 理解“基因组统计信息”层级的比较基因组分析
3. 理解“蛋白质”层级的比较基因组分析
4. 理解“基因共线性”层级的比较基因组分析
5. 理解“基因组序列比对”层级的比较基因组分析 授课内容要点:
简要回顾上节课讲述的基因组注释内容。请同学回答上次所留思考题“得到一新拼接成的基因组序列后，你会采用什么策略及方法进行基因组注释？”；进行解答：
“where”层级（核酸水平）的基因组注释：Gene、Repeat、RNA and regulatory regions、Variation的注释Common protein analysis， “不识庐山真面目，只缘身在此山中”，序列的保守性，哪些区段各物种中有差异，只有跨出单个基因组，在多个基因组序列中开展比较分析，才能对基因组信息得到更深的认识。 由此引出“比较基因组”分析Comparison of genomes’ statistics
Comparison of genomes’ components (gene, repeat etc.)
Proteins comparison
Synteny analysis
Genome sequences alignment
基因组统计信息的比较：
基因组大小；
基因、重复序列等原件数目；
GC含量等
基因组成分的比较：
1） 基因的比较；
2） 重复序列的比较；
3） 调控原件的比较
蛋白质的比较
1） 检测直系同源（ortholog）、旁系同源（paralog）蛋白；
《基础生物信息学及应用》，蒋彦等，清华大学出版社
《生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南》， 李衍达，清华大学出版社
《生物信息学》， 赵国屏，科学出版社
《生物信息学手册》，郝柏林， 上海科学技术出版社
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