蛋白质结构与功能中的结构域.PDFVIP

4·82 · 生物化学与生物物理进展 　　Prog. Biochem. Biophys. 　　　　　1997 ; 24 (6) 综述与专论 蛋白质结构与功能中的结构域 廉德君 　许根俊 中 国 科 学 院 上 海 生 物 化 学 研 究 所, 上海 200031 ( ) 中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室, 北京 100101 摘要 　结构域是蛋白质亚基结构中的紧密球状区域. 结构域作为蛋白质结构中介于二级与三级结构之 间的又一结构层次 , 在蛋白质中起着独立的结构单位、功能单位与折叠单位的作用. 在复杂蛋白质 中 , 结构域具有结构与功能组件与遗传单位的作用. 结构域层次的研究将会促进蛋白质结构与功能关 系、蛋白质折叠机制以及蛋白质设计的研究. 关键词 　结构域 , 蛋白质 , 结构 , 功能 , 模块 　　天然的蛋白质具有特征的三维空间立体结 可能起着稳定折叠中间物的作用. 构. LinderstrnLong ( 1959 年) 及其同事最 Wetlaufer 最先提出的考查蛋白质结构域 先认识到蛋白质具有不同的层次结构并引入一 的方法是视觉观察法 , 他定义结构域为蛋白质 级、二级和三级结构描述这一现象. Wetlaufer 亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域 , 并 ( ) 1973 年 根据对蛋白质结构及折叠机制研究 通过考查蛋白质的空间立体结构模型来划分这 提出介于二级与三级结构之间存在另一结构层 些区域. 这种方法在判断结构域时必然掺杂大 次即结构域. 球状蛋白质折叠过程中 , 结构域 量的主观因素在内. 较为客观的方法是利用现 可能起着独立的折叠单位的作用. X 射线衍射 有 X 射线衍射技术得到的原子坐标数据的系 技术已提供了大量蛋白质的三维空间立体结构 统算法. 近 20 年来发展了许多这种算法[2 ] . 资料 , 结合蛋白质结构与功能关系的研究 , 发 如 Rossmann ( 1973 年) 的间距图方法 ( dis 现结构域不仅是结构单位 , 而且是功能单位 , tance map ) , Rippen ( 1978 年) 集束算法 由此产生蛋白质结构与功能的组件模型 ( clustering algorithms ) . Wodark 和 Janin (modular model) . 结构域这一概念在阐明蛋白 ( 1980 年) 发展的界面最小 ( interface mini 质结构与功能之间关系及折叠机制时显得越来 mization) 方法 , Zehfus 和 Rose ( 1986 年) 的 越重要 , 本文旨在对这些领域中与结构域有关 计算区域紧密度 ( coefficient of compactness) 的一系列研究进展做一大致的概括分析. 方法等. 所有这些算法都有一个共同的特点 , 即通过利用原子坐标计算某种结构参数 , 从而 1 　结构域的定义及确定方法 给出关于结构因素的一个级阶排列 , 通过考查