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摘要
随着生命基因组学和蛋白质组学研究的发展,人类对生物大分子的研究理论
进入了系统生物学的研究水平,即从原来的基因序列测序工作转变为对与整个系
统相互关联的一系列生命活动进行研究。在生物分子网络中抽取其所隐含的有效
信息——如系统结构组织原理,系统功能结构单位,网络特殊性质规律等——是
当前系统生物科学研究工作所面临的重大挑战之一。
WangGuanyu等人提出了一种骨干模体查找算法,来研究基因调控网络的动
力学特性。算法采用布尔网络模型作为网络动力学模型,结合网络状态时间过程
数据建立方程组,并运用代数解析方法求解方程组得到可行解集合,最后从中搜
索出符合实际网络结构的骨干模体。算法中存在一个问题,在求解网络骨干模体
过程中,可行解网络集合空问特别大,从而使得骨干模体的搜索空间很大,效率
较低。
在深刻理解问题的基础上,本文对这个算法进行了改进,利用增加条件约束
的方法缩小可行解网络集合空间并在其中进行引导性的搜索,提高了骨干模体查
找的效率。实验在芽殖酵母和裂殖酵母的细胞周期过程数据上进行,其结果表明
改进后的方法在搜索骨干模体的过程中,在保证原来算法优点的基础上提高了原
有算法的性能。
关键词:布尔模型骨干模体基因调控网络
Abstract
for
theories
oflife and biological
theresearch proteomics,the
With genomics
of
thatthefocus
intothelevelof means
biology,which
macrom01ecule systems
steps
to
research insight
from andisolated looking
work sequencing
is仃ansf-erringgene
the
life all biological
intointerrelated aboutbehaviors,treating
biologicalsystems
effective
ofthemain istoextract
inassociation.One challenges
components
structure
fr
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