α－螺旋蛋白质肽键平面角振动效应初探-昆明理工大学学报.PDF

第28卷 第3期 昆明理工大学学报 (理工版 ) Vol.28No.3 2003年6月 Jun .2003 a-螺旋蛋白质肽键平面角振动效应初探 1 2 1 吴光敏,刘 虹,周凌云 (1.昆明理工大学理学院,云南昆明 650093; 2.云南广播电视大学,云南昆明 650223) 摘要:在-螺旋蛋白质分子链上,在激发能量较弱的条件下,相对氢键而言肽键平面可看成 是刚体,其运动是在氢键约束下的角振动;研究了-螺旋蛋白质中的肽键平面角振动,用量子 力学导出了肽键-氢键链的非线性动力学方程,研究了动力学系统的特征并得出了不同于 Davydov的孤立子解. 关键词:-螺旋蛋白质;肽键;氢键;孤立子 中图分类号:Q64 1 文献标识码:A 文章编号:1007-855X(2003)03-0 135-05 Exploring the Effect on the Angular Vibration of the Peptide Plane in the a -Helix Protein 1 2 1 WU Guang-min, LIU Hong, ZHOU Ling-yun (1. Faculty of Science, Kunming University of Science and Technology, Kunming 650093, China; 2. Yunnan RTV University, Kunming 650223, China) Abstract: On the -helix protein molecule chain, the peptide bond planes regarded as the rigid bodies can make a angular vibration limited by hydrogen bonds. The nonlinear dynamical equation of the peptide-hydrogen bond chain s is established by quantum mech anics. And the research on the properties of the dynamical system is made and the soliton solution different from that of the Davydov is obtained. Key words: -helix protein; peptide bond; hydrogen bond; soliton 0引言 众所周知,蛋白质一类的生物大分子的空间构象决定其生理功能.而复杂的空间构象包含着有规律的 动力学特性.在生物能量代谢过程中,其能量的释放、吸收、传递都与生物分子的运动有关.从上个世纪 70年代末,人们就已开始了对生物大分子的动力学性质的研究. Davydov提出了-螺旋蛋白质的一维动 [1] 力学孤立子模型 . Davydov孤立子可以作为ATP水解释放能量的载体,后经scott等人的工作得到了很大 [2,3] 的发展 . Davydov孤立子产生于蛋白质分子链上肽键振动与其内部振子间的非线性相互作用,其一维模 型与一维固体分子链中的电声子偶合作用相类似.在本文中则考虑了在-螺旋蛋白质分子链由氢键作用 产生的动力学特性.仔细考察-螺旋蛋白质的分子结构,会发现其上存在着三条独立的肽键-氢键链.研 究结果表明在肽键-氢键链上存在着与Davydov孤立子不同形式的孤立子. 1 a-螺旋蛋白质上肽键-氢键链 蛋白质是由氨基酸聚合成的高分子化合物,氨基酸之间通过肽键相连.肽键是由氨基酸的-羧基与 另一个氨基酸的-氨