李军健－16SrRNA应用的复兴.-生物化学与分子生物学.ppt

16SrRNA应用的复兴;摘要;16srRNA及元基因组法的对比;16srRNA具有不寻常的特征 特征 普遍存在性，末端序列守恒，具有一个进化速率变化的区结构。 在微生物进化和生态学研究中的作用地位： 第一，完全改变了进化的观点。 提供一个客观的系统发生的框架，并在这个框架中分类细胞生物等级。 第二，通过对直接来自环境中的16srRNA的克隆和测序，证明了微生物的差异远比我们以前基于培养研究的差异要广泛的多。;元基因组是对一个群落的功能研究： 使用高通量的鸟枪法测序 优点： 随机抽样存在于一个栖息地的所有基因而不只是16srRNA ，因而提供了对一个群落的功能研究，而不只是对它的种系发育的总结。 ;结论： 第一步：应用经典的16srRNA对群落成分进行描述（在很大程度上决定了将要使用的测序技术及序列必需的数量 ） 第二步：元基因组分析 ;;数据产生;数据产生;数据产生;; 分析工具 ;OTU 应用数学方法和电子计算机来研究生物分类问题的边缘学科。又称数值分类学。数值分类学的工作方法大致分为5步。①选择所要研究的单位（如品系或种等），所用最低级的实体称为操作分类单位（OTU＝Operational Taxonomic Unit）。②选择OTU的性状（ 包括形态学、细胞学、古生物学、生物化学等各种性状）③全面计算相似性S。 方法是把一个OTU与另外的每个OTU作比较，通常用百分比来表示。S为百分之百表示完全一致，S为百分之零则表示没有相似。然后把每个OTU的S系数列成一个相似性表或矩阵。④进行“簇分析”。把相似性矩阵加以重排，把那些彼此有高度相似性的OTUs集在一起，形成“簇”。将这些簇分阶层地排成树状图，就可以根据具体情况选择不同的相似性水平来代表不同的等级。⑤判别。分类完成后，再倒回去重新检查一下性状，将最稳定的性状作为检索表的特征。数值分类学的方法采用的性状数量多，用计算机运算速度快，所得的结果比较客观。起初用于细菌和病毒等微生物的分类，后来又扩展到高等动植物的分类研究。 ;物种多样性指数;分析工具;分析工具;;分析工具;分析工具;分析工具;个例研究 ;个例研究;个例研究;个例研究;个例研究;个例研究;;