一种基于极值思想的多序列联配求精算法.pdfVIP

第32卷第2期 计算机工程 2006年1月 2006 V01．32 他2 ComputerEngineering January 文献标识码tA 中圈分类号；TPl8 ·人工智能及识别技术· 文章编号t 1000-3428(2∞6)o扣m20m珈3 一种基于极值思想的多序列联配求精算法 邓伟林1，胡桂武孙，郑启伦2，彭宏2，胡劲松2 10640； (1．广东轻工职业技术学院计算机系，广州510300；2．华南理工大学计算机科学与工程学院，广州5 3．广东商学院数学系，广州510320) 摘要：多序列联配(MSA)是一个NP问题，为了取得一个好的联配结果，常用渐进和迭代两种方法，但渐进方法不能调整早期的错误， 迭代方法面临怎样跳出局部最优的问题。该文提出了一种新的求精方法，该方法基于极值遗传算法和挖掘策略。极值遗传算法基于极值组 合元素，能够减少搜索空间，易于找到全局最优解。算法实现过程中，首先用挖掘算法挖掘出已知联配中的不良序列块，然后所有的不良 序列块用极值遗传算法重新联配。当初始的序列是用渐进算法联配时，新的求精方法能调整早期的一些错误，充分结合渐进和迭代算法的 优点。最后算法用来自于数据库BAliBASE中数据进行了验证。 关健诩：多序列联配；组合极值；遗传算法 Extreme for A Basedon Genetic RefiningAlgorithm Algorithm MultipleSequenceAlignment DENG Weilinl，HUGuiwu23，ZHENGQilun2，PENGHon92，HUJinson92 of Technical 5 of Scienceand (1．DepartmentComputing，GuangdongIndustry College，Guangzhou10300；2．CollegeComputer China Business 510640；3．DepartmentofMathematics，GuangdongCollege，Guangzhou510320) UniversityofTechnology,Guangzhou isNP—hard．Inordertoachieveasound anditerative SequenceAlignment)problem alignment，progressive [Abstract]TheMSA(Multiple are areunableto in facethe used，but approaches adjustmisali