比较基因组分析斯氏假单胞菌遗传多样性及固氮基因岛-江苏农业科学.pdfVIP

江苏农业科学　２０１７年第４５卷第１期 — ３３— 李向阳，汤　宏，张国辉．比较基因组分析斯氏假单胞菌遗传多样性及固氮基因岛进化机制［Ｊ］．江苏农业科学，２０１７，４５（１）：３３－３８． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１７．０１．０１０ 比较基因组分析斯氏假单胞菌遗传多样性 及固氮基因岛进化机制 １，２ １ １ 李向阳 ，汤　宏 ，张国辉 （１．凯里学院环境与生命科学学院，贵州凯里５５６０１１；２．复旦大学环境科学与工程系，上海杨浦２００４３３） 　　摘要：对５株固氮与１１株非固氮斯氏假单胞菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｔｕｔｚｅｒｉ）基因组开展综合比较分析，从基因组水平上 研究斯氏假单胞菌种内遗传多样性及其固氮基因岛进化机制。核心与元基因组分析发现，１６个斯氏假单胞菌拥有的 独特基因数占元基因数的４６．３７％；基于平均核苷酸相似度分析，这１６个菌株被划分为１１种不同的基因组变异型，表 明斯氏假单胞菌基因组异质化程度高。固氮基因岛及进化树分析表明，５株固氮菌属于３种不同基因组变异型，它们 的固氮基因岛及其侧翼序列保守性好，而且固氮酶基因进化树与菌株谱系进化树呈现高度一致性。据此推测，斯氏假 单胞菌祖先可能通过水平基因转移的方式获得固氮基因岛，从而转变为固氮菌，但是在后期进化过程中，绝大部分固 氮菌株丢失了固氮基因岛。 　　关键词：斯氏假单胞菌；固氮基因岛；比较基因组；基因组变异型；多样性 　　中图分类号：Ｓ１８２　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１７）０１－００３３－０６ ［７］ ［８］ 　　斯氏假单胞菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓｓｔｕｔｚｅｒｉ）属 变形菌亚门 １０７０１ 、Ｐ．ｓｔｕｔｚｅｒｉ２８ａ２４ 。 γ （ －Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）假单胞菌属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ），是革兰氏阴 基于１６ＳｒＲＮＡ基因及多位点序列分析发现，斯氏假单 γ 性菌。它广泛分布于土壤、湖泊和海洋，甚至临床环境 胞菌在遗传水平上呈现高度异质性［９－１０］。因为在分类学上 ［１－２］ 暂时没有发现明确的表型来支持新种的划分，所以研究者暂 中 ，是研究细菌反硝化作用机制的主要模式菌株之一，同 ［３］ 时也是假单胞菌属中为数不多的具备生物固氮能力的菌 时采用基因组变异型对这些斯氏假单胞菌进行分类 。目 ［３－４］ 前斯氏假单胞菌被划分为多达 １９种不同的基因组变异 种 。代谢功能多样性是斯氏假单胞菌的典型特征，这些 代谢功能使得斯氏假单胞菌在农业生产和环境修复领域具有 型［３，１１］，如该种的典型菌株Ｐ．ｓｔｕｔｚｅｒｉＡＴＣＣ１７５８８和固氮菌 ［３］ 株Ｐ．ｓｔｕｔｚｅｒｉＡ１５０１为基因组变异型１的菌株［１２－１３］；Ｐ．ｓｔｕｔｚ 重要应用价值 。例如，斯氏假单胞菌的生物固氮和反硝化 ［１４］ 代谢作用广泛参与氮元素的地球化学循环；一些斯氏假单胞