DNA测序信号去噪分析的一种新方法.pdfVIP

第28卷，第5期 光谱学与光谱分析 2008年5月 and SpectroscopySpectralAnalysis May，2008 DNA测序信号去噪分析的一种新方法 郑 华1’2，王立强1，石岩1，汪 洁1，陆祖康1 1．浙江大学现代光学仪器国家重点实验室，浙江大学国家光学仪器工程技术研究中心，浙江杭州310027 2．福建师范大学物理与光电信息科技学院，福建福州350007 摘要在DNA荧光测序中，噪声会影响分析的准确度和检出限。相比其他滤波方法。小波分析具有良好 的时频域分辨特性。在小波去噪处理中，正确选择合适的小波基函数、去噪阈值和分解层数直接关系到信号 去噪处理的质量。为了真实构建噪声模型并准确评价去噪算法的有效性，实验中通过实际系统中采集到的 噪声信号叠加理想荧光信号构建DNA测序仿真信号，去噪分析的结果表明：选择sym7小波基函数、分解 层数(1ev=5)与使用固定格式软阈值，有效去除了DNA测序信号的噪声；处理后，信号的信噪比提高了5 倍以上。将其用于处理实际的DNA电泳荧光信号，相比基于随机噪声模型的算法，去噪后的信号更加真实 可靠。 关键词DNA测序；荧光信号；小波分析；去噪 中图分类号：TH74；TP391文献标识码：A 文章编号：1000-0593(2008)05—1126-04 DNA测序CE荧光信号去噪的小波基函数与去噪处理的方 引 言 法，并应用于实际的DNA测序荧光信号，获得了很好的实 验结果。 在DNA荧光测序分析中，毛细管电泳(CE)系统的样品 进样量少且浓度低，噪声的存在很可能会导致错误的结果。 1小波去噪原理 因此，需要采用滤波的方法去除信号中的噪声。对于含噪信 号的滤波，传统的方法有：曲线拟合法、移动平均法、样条 对于时域信号，(￡)进行离散小波变换 r佃 函数拟合和Fourier变换等，这些滤波方法的共同特点是根 (1) G，1．。(￡)=I∥f)认胁挖，t)dt J—∞ 据信号的特征设计最佳的滤波器，滤除噪声。但对于非平稳 可得到一系列频率通带空间，flPd,波空间。目的是获得信号 过程信号、含宽带噪声信号，采用传统方法处理有一定的局 厂(f)的离散小波分解在不同尺度下的带通项。Mallat提出了 限性。小波分析由于具有良好的时频域分辨能力已成为信号 一种快速分解算法n]，利用小波变换将信号分解成不同的频 处理的一种强有力工具[1]，在数学、物理、化学、通信、医学 段成分 和地质等领域得到了广泛的应用[2-s3。小波分析具有检测信 (2) ．“f)=cAl(f)+cDl(￡) 号奇异性和突变结构的优势：信号和噪声在小波变换下表现 出截然不同的性质，它能更准确地得到信号上特定点的奇异 逼近和离散细节。