基于文本挖掘的DNA微阵列表达数据方法研究.pdfVIP

中华医学图书情报杂志2010年5月 第 l9卷第5期 ChinJMedLibrInfSci，Vo1．19No．5 May．2010 ·ll· · 专 题 基于文本挖掘的DNA微阵列表达数据方法研究 张 薇 。崔 雷 [摘要】DNA微阵列技术是近年来发展起来的一种功能基因组学研究技术。利用DNA微阵列技术，可以从基因组水平上 鉴定出相关的功能基因及其表达调控网络，有助于阐明这些基 因的生物学功能及其机理。结合文本挖掘的相关研究结果，探 讨了DNA微阵列技术的原理和特点，数据的分析和解释，基因的聚类方法和基于文献的DNA微阵列分析。通过基于文献的 微阵列分析方法，找出隐含的、具有语义关联的生物概念，并进行推理，发现隐性的新知识。具体阐述 了基于统计、基于 自然 语言处理、基于关联规则挖掘 ，基于模式识别的4种分析方法。基于文本挖掘的DNA微阵列技术，有利于发现基因或蛋白质 之间的相互作用关系，自动识别生物学名词，提高数据分析效率等。 [关键词]DNA微阵列；文本挖掘；聚类分析；文献轮廓；关联规则；自然语言处理；模式识别 [中图分类号]G25O；R319 [文献标志码]A [文章编号]1671—3982(2010)05—0011—05 DataexpressingmethodsinDNA microarraybasedontextmining ZHANG W ei，CUILei (DepartmentofMedicalInformationManagementnadInformationSystem， ChinaMedicalUniversity，Shenyang110001，LiaoningProvince，China) [Abstract]DNAmicroarray，developedinrecentyears，isatechniqueusedinstudyoffunctionalgenomics， andcanbeusedtoidenti~relatedfunctionalgenesandtheirexpressioncontrolnetworksatgenomicslevel，htus contributingtohteexplanationofthebiologicalfunctionandmechanism ofsuchgenes．Theprinciplesandcharacteristics ofDNA micmarray，dataanalysisnadexplanationaswellasclustermehtodsofgenesusingDNA miemarray，andlitera— ture-basedDNA microarraynaalysiswerestudiedbasedontherelatedstudiesontextmining．Theconcealedand semnatic-relatedbiologicalconceptinliteraturewasdetectedusingDNAmicroarraytodiscovertheinvisiblenovel knowledgebyinference．Th e4 analyzingmehtodsbasedon statistics，natural languageprocessing，associationrule mining，nadpattem recognitionwerediscussed．Textming-basedDNAmiemarraytcehniquecandicsoverhteinteraction betweengenesorproteins，identifybiologicalterms，andimprovedataanalysisefficacy． [Keywords]DNAmicroarray；textmining；clusteranalysis；literatureprofile；associationurle；naturallna- ug ageprocessing；patternrecognition DNA微阵列技术是近年来发