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DNA条形码技术和其在畜牧产品中应用前景
DNA条形码技术和其在畜牧产品中应用前景 [摘 要] 近年来,随着国际上DNA条形码技术的发展,中国也越来越多的将DNA条形码技术应用到植物及中药材的鉴定及相关研究中,然而此技术在畜牧产品中的应用却还少见报道。本文综述了DNA条形码技术的原理、方法流程及其在动物研究中的应用,并对DNA条形码在畜牧产品中的应用前景进行展望。
[关键词] DNA条形码 COI 畜牧产品 前景
近年来,DNA条形码技术受到了国际和国内的高度关注,并在动植物的鉴定领域得到了广泛应用。DNA条形码技术首先是由Tautz[1]等在2002年提出,并将其应用于生物分类系统,Hebert等[2,3]在2003年首次提出DNA条形码(DNA Barcoding)概念,并将其用于快速鉴定物种的标记物。到目前为止,国际上已经建立了包括生命条码联合会(Consortium forthe Barcode of Life, CBOL,http:// w ),生命条码数据库(Barcode of Life Datasystems, BOLD,http://),以及国际生命条码计划(International Barcode of Life, iBOL,http://)在内的3个大型资源网站,吸引了50多个国家的投资者及合作组织。这些生命条码组织的成立,进一步推动了DNA条形码技术的发展。近年来,中国本土也形成了很多包括植物、动物及中药材在内的生物DNA条形码数据库,为物种鉴定及生物系统发育研究的发展提供了有力的基因证据。
一、DNA条形码技术的原理
条形码技术是一种通过对条形码进行电子扫描,从而实现对信息进行快速、准确的自动识别方法,目前已广泛应用与商品零售业[4]。DNA条形码与之类似,即利用基因组中一段公认的、相对较短的DNA序列来进行物种鉴定及其相关研究。DNA序列是由A、T、G、C 4种碱基组成,不同的碱基数目分别以不同的顺序进行排列组合就会有足够多数目的基因序列,从而包括所有物种的基因型[5,6]。
二、DNA条形码操作的方法流程
1.样品处理及DNA提取 首先对样品进行液氮冷冻及酒精消毒等处理工作。其次是进行DNA提取,DNA提取方法一般包括破碎细胞壁并释放DNA,分离DNA,纯化DNA,DNA浓缩、沉淀与洗涤等基本步骤[7]。目前常用的DNA提取方法有CTAB[8]法,高盐低PH[9]法,SDS[10]法以及试剂盒提取法等。对于植物样品,一般选择CTAB法 [11],对于动物样品,一般采用SDS(十二烷基硫酸钠)原理提取DNA [12]。随着近年来DNA提取试剂盒的问世,试剂盒法已经广泛用于动植物DNA的提取。
2.PCR扩增
PCR(聚合酶链式反应)扩增就是使提取出的样品DNA在PCR扩增仪内进行反应,以达到DNA的数量成指数增长的效果。对于植物PCR扩增,目前国内一般采用叶绿体基因[13,4]和核基因[15]片段为目的基因。对于动物的PCR扩增,国内应用最多的动物条形码是COI基因。另外,线粒体基因以及核基因也越来越多的被用于动物研究中。
3.PCR产物检测及测序
目前,一般采取琼脂糖凝胶电泳方法检测 PCR产物,采用Sanger双向测序的方法。随着高通量测序技术的发展,国内的测序技术也在进一步提高。
4.获得DNA条形码 将测序返回的结果利用Choromas软件查看峰图质量,ContingExpress软件进行双向序列拼接,Bioedit软件进行序列编辑,最终获得DNA条形码。
三、DNA条形码技术在动物研究中的应用
1.DNA条形码在昆虫中的应用
早在21世纪初,我国学者就已经利用线粒体COI基因对线虫、蛔虫、水蚤和吸虫等线形动物进行了序列差异研究。之后Hajibabaei M等基于COI基因对鳞翅目521种昆虫进行了序列分析,发现对其物种鉴别效率可以达到97.9%。潘程莹等对7种蝗虫的线粒体COI基因进行了研究,发现基于COI基因可以实现对蝗虫的鉴别,并揭示了蝗虫的系统进化历程。这表明DNA条形码在昆虫类的鉴别研究中已经相当成熟。
2.DNA条形码在鱼类中的应用
DNA条形码在鱼类中的开发和应用也较为广泛。Ward等对澳大利亚207种海洋鱼类进行分析,发现所有物种在COI基因上都有一定差异,通过系统发育关系的构建,发现COI基因可作为海洋鱼类DNA条形码的标准序列。此外,Zemlak等用COI基因研究印度洋沿岸35种鱼的229个样本发现,南非和澳大利亚海域的同种鱼类存在很大的差异,指出南非和澳大利亚海域应该还有很多隐存种没有被人发现。王中铎等利用COI基因对南海硬骨鱼类进行研究时发现,COI基因可用于硬骨鱼类的物种鉴别,并可用于低级分类阶元的系统进化
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