从斑马鱼与鯝鱼分离抗菌胜肽cathelicidin相关之基因的片段.PDFVIP

Journal of Information Technology and Applications Vol. 5, No. 4, pp. 176-179 20 11 從斑馬魚 與鯝魚 分離抗菌胜肽 cathelicidin相關之基因的 片段 Isolation of genomic fragments of cathelicidin antimicrobial-peptide distal related gene from Danio rerio and Varicorhinus barbatulus 黃昱詠 陳妍蓁謝萬璋 張慧玫 中華大學生物資訊學系 摘要 抗菌胜肽（antimicrobial peptides, AMPs)是細菌、植物、動物抵抗微生物入侵之先天免疫的小分子， 大多是由10～80個不等的胺基酸所組成的短肽，cathelicidin 基因是屬於螺旋型抗菌胜肽的一種，在人類、 哺乳動物內研究較多，但是在魚類 cathelicidin 基因研究得較少，因此本研究挑選斑馬魚與鯝魚的 cathelicidin 基因作為我們的主要研究對象。我們萃取鯝魚以及斑馬魚的genomic DNA ，利用聚合酶連鎖 反應 PCR 技術，得到 4個片段，其中從鲴魚以 CATH1引子，以及從斑馬以 CATH2引子擴增各取得 2個 片段。經過轉譯推論此4個片段抗菌區相似度兩兩比較＜ 20% ，分數最高的是馬和豬的cathelicidin的同 區域 (最高相似度可達 36%) ，這可能表示在本研究所得斑馬魚和鲴魚cathelicidin的相關基因，在自然界 中對付某些類似菌種的入侵，或許以類似機制對付入侵菌 ，也可能受限於抗菌胜肽 APD資料庫資料廣度 或多樣性的影響。為了區別這些可能性可由將來取得這 4個克隆完整基因結構與進一步功能測試來驗證。 關鍵字 : antimicrobial peptides 、cathelicidin基因、斑馬魚、鯝魚、APD資料庫 YU YUNG HUANG, YAN JEN CHEN, WAN CHANG HSIEH, *WHEI-MEIH CHANG Department of Bioinformatics, Chung Hua University *Corresponding author: wmchang@.tw Abstract The antimicrobial peptides (AMPs), generally consisting of 10~80 amino acids, are small molecules expressed by bacteria, plants and animals in their innate defense systems against invasive microbes. The cathelicidin gene belonging to the a-helical AMP family is well studied in humans and animals, however, less is known in fish. Hence, we choose to study the copy of this gene in Danio rerio and Varicorhinus barbatulus. The genomic DNA from these fish