分子生物学 课件 第二章DNA的结构.pptVIP

2、过程 反向重复序列之间交互重组 反向重复序列之间的区域被倒位，重复序列本身被保留 作业： 名词解释：转座子，转座，复合转座子 * 真核生物基因组包含的几种序列成分 当用重组动力学研究真核生物基因组时，通常反应的c0t1/2值 被分作8个量级中。这比图21.3中预计的100倍范围更宽。原因是曲线中的每一个都遵循着每个单一组分重组动力学的方程。一个基因组实际上包含几个这样的组分，每一个都按特殊的动力学重组。 图3.6给出了某种（假想）真核生物基因组，起始于c0t值为10-4，终止于c0t值为104。这个反应分为三个明显的相区，用阴影框住。在前两相区区间有一个平台区，而后两个相区则有重叠。每个相区都代表了基因组不同的动力学成分： 1．? 快速组分是重组的第一部分。在这里点总DNA的25%，在cot值10-4至约2×10-2间复性， cot?值为0.0013。 2．? 紧接着是中间组分。占DNA的30%，在cot值0.2到100间复性, cot?值为1.9. 3．? 慢组分是最后复性的部分。占总DNA的45%，在cot范围100-10000间复性，cot?-为630。 为了计算这些组分的复杂度，每个组分都必须视为独立的动立的动力学组分进行重组并与标准DNA比较。慢组分占总DNA45%，因此重组反应中它的浓度测定Co的0.45倍（Co为存在DNA的总量）。这样慢组分cot?为0.45×630=283 因此，如果慢组分被纯化出进单独重组，其复性将以cot?为283进行。假定这些条件下，大肠杆菌DNA以cot?为40重组。比较这两个值，我们可以发现这个组分复杂性为3.0×108bp.用同样方法处理其他组分表明,中间成分复杂度为6×1015bp,快速组分为340bp.这为我们提供了一个进行量化的依据:组分重组越快复杂性越低。 反过来，如果我们把三种DNA每种含有的独特序列均为恰好长度（340bp，6×105bp与3×108bp），并且以质量比25：30混合，每一种组分就会如同仍是单一组分一样进行重组。并且总起来说混合物将显示出与图3.6全基因组相同的动力学图。 * 当大肠杆菌细胞被离解时，尾丝粘到破裂的细胞衣壳上，以环状形式释放，如图26.4。在双螺旋结构中DNA不会以环状存在，而是同蛋白质结合而进行压缩。 在大肠杆菌中，我们分离到几种类似于真核细胞染色体蛋白质的DNA连接蛋白，那么，我们如何确定DNA连接蛋白在核酸结构中的作用呢？整个基因组中应该有大量此类蛋白存在，而且这部分基因的突变应引起一些结构或功能上的变化（如，子细胞的分离），然而目前并没有发现满足这些条件的基因。 HU蛋白是一个浓缩DNA的二聚体，其中DNA可能呈珠状结构，这样可以刺激DNA的复制（参看15章）。它与IHF（integration host factor，综合基质因子）有关，IHF是一个二聚体，常出现在一些特化重组反应里，包括λ噬菌体的分裂和切除（它正是因此而得名）,在构建一种反应DNA序列的蛋白质复合物中起结构作用(参看17章)。任一HU亚单位编码基因中的裸突变都几乎不起作用，但两个功能全部丧失会导致一个冷觉表现型及一些DNA中超螺旋结构的丢失。这些结果进一步体现了HU在核酸浓缩中的作用。 HI蛋白质（即H-NS）与DNA连接，并优先与弯曲的序列发生作用。它的基因有多种突变（osmZ，bglY, pilG），各为一种不同系统的调节器。这些结果反映了HI在DNA特定区域拓朴学上，以及依赖于特殊启动子的基因表达上的作用。 蛋白质P的基因序列已被确定，该基因的编码区有一个氨基酸组分，与精子中和DNA连接的鱼精蛋白有些类似。它的序列表明它是一个DNA连接蛋白，但目前尚不知道它的数量和功能。如图26.4。 我们可以推测，核酸结构中必需蛋白质的缺失将会对发育产生严重影响。然而，为何基因蛋白HU和HI的消除作用被相对限制了呢？一种解释是这些蛋白质是多余的，而且可以互相替代，因此要想深入影响核酸结构，必需将两者全部去除。另一个可能是我们还没有确定与核酸整体的主要特征有关的蛋白质。 核酸能以复合物的形式直接分离，这复合物可以快速沉淀，内含80%（质量百分比）的DNA，（在真核中的类似复合物含50%DNA，见后文）。它能作用于RNA或者蛋白质反应物而展开。蛋白质在稳定其结构中有明显作用，但是RNA的作用仍然很难分析。 通过与溴化已啶的反应，我们发现在体外分离得到的压缩DNA有一个闭合双向结构，这个小分子插入碱基对之间，并在闭环DNA分子（即两条链共价相连的DNA分子）中产生正的超螺旋转角。（开环DNA分子在一条链上有缺口，或有线性分子，它使插入序列进行自由旋转，从而张力减小）。 溴化乙啶插入一个天然闭合的负性超螺旋的DNA后，首先解去负的超螺旋，再引入正