环糊精水解酶底物运输通道的动态结构分析.pdf

网络优先数字 出版时间：2014—2—11 网络优先数字出版地址 ：http：／／www．cnki．net／kcms／detail／45．1206．G31644．004．html 广西科学GuangxiSciences2014，2l(1)：12～l6 环糊精水解酶底物运输通道的动态结构分析 DynamicStructuralStudyonSubstrateTransportChan。I nelsofCyclodextrinHydrolase 闭 海 ，莫 莉 ，郭 媛。，林丽华 。，黄 日波 ，庞 浩 ， BIHai，MO Li，GUO Yuan ，LIN Li—hua ，HUANG Ri_bo一，PANG Hao，。 (1．广西大学生命科学与技术学院，广西南宁 530004；2．广西科学院，非粮生物质酶解国家重点 实验室，国家非粮生物质能源工程技术研究中心，广西生物质产业化工程院，广西生物炼制重点 实验室，广西南宁 530007) (1．CollegeofLifeScience TechnologyofGuangxiUniversity，Nanning，Guangxi，530004， China；2．GuangxiAcademyofSciences，StateKeyLaboratory ofNon—FoodBiomassandEn— zymeTechnology，NationalEngineeringResearchCenterforNon—foodBiorefinery，GuangxiBi— omassIndustria1ization Engineering Institute，GuangxiKey Laboratory ofBiorefinery，Nan— ning，Guangxi，530007，China) 摘要 ：【目的】环糊精水解酶是作用于特殊底物的水解酶，可 以水解 圆锥形结构的底物 。分析这个酶的底物通道 为水解特殊结构底物提供研究基础。 【方法】利用分子动力学模拟环糊精水解酶存在的底物通道，比较环糊精水 解酶 BsCMD_1JoH和 TspCMD_1SMA在底物运输通道上的差异 。 【结果]BsCMD_1JOH和 TspCMD 1SMA都 为糖基水解酶家族 13的蛋白质 ，它们的碳骨架基本吻合 ，而在 一螺旋分布上 ，TspCMD一1SMA相 比于 BsCMD一 1JOH来说 ，螺旋结构更趋向于在蛋 白质中心聚集。BsCMD一1JOH有 6条底物通道连通蛋 白质表面和活性中 心，TspCMD_1SMA有 8条底物通道连通 。BsCMD一1J0H 的底物通道平均半径为 1A，TspCMD一1SMA的底物 通道平均半径为 1．2A。【结论】本研究提供了BsCMD_1JOH和TspCMD 1SMA两个蛋白质在和底物接触中的 相关底物通道信息。 关键词 ：环糊精水解酶 底物通道 3D结构 底物运输 淀粉 中图分类号 ：Q556 文献标识码 ：A 文章编号 ：1005—9164(2014)01—0012—05 Abstract：IoNective】Cyc1odextrinhydrolasecontainsaspecialfunctiononsubstrate．Itcanhy— drolyzecyclodextrinmoleculewithaconicalstructure．Theanalysisofthesubstratechannelsof thisenzymewouldhelpthebasicresearchonenzymatichydrolysisofspecialsubstrate．[Meth． od]Theanalysesofsubstratetunnelsfrom cyclodextrinhydrolases，namedBsCMD一1JOH and TspCMD _ ISMA，wereperformedwiththemethodofmoleculardynamicssimulation．[Result]